"וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עמר התנופה שבע שבתות תמימת תהיינה. עד ממחרת השבת השביעת תספרו חמשים יום והקרבתם מנחה חדשה לה' " (ויקרא כג,טז). 'והאמר אביי: מצוה למימני יומי, דכתיב (ויקרא כג, טז) "תספרו חמשים יום", ומצוה למימני שבועי, דכתיב (דברים טז, ט) "שבעה שבועות תספר לך"' (חגיגה יז,ב).  'גופא, אמר אביי: מצוה למימני יומי ומצוה למימני שבועי. רבנן דבי רב אשי מנו יומי ומנו שבועי. אמימר מני יומי ולא מני שבועי, אמר: זכר למקדש הוא' (מנחות סה,א). 'אמימר מני יומי ולא שבועי - אמר האי מניינא דהשתא לאו חובה הוא דהא ליכא עומר, אלא זכר למקדש בעלמא הוא, הלכך ביומי סגי' (רש"י). בספירת העומר אנו סופרים גם ימים וגם שבועות, לכאורה למה סופרים פעמיים אותו דבר? בפשטות אפשר שזה כביטוי עד כמה אנו נרגשים לקראת מתן תורה, שזהו עניינה של ספירת העומר, כמו שמביא החינוך: ' ... ומפני כן, כי היא כל עיקרן של ישראל, ובעבורה נגאלו ועלו לכל הגדולה שעלו אליה, נצטוינו למנות ממחרת יום טוב של פסח עד יום נתינת התורה, להראות בנפשנו החפץ הגדול אל היום הנכבד הנכסף ללבנו כעבד ישאף צל, וימנה תמיד מתי יבוא העת הנכסף אליו שיצא לחרות, כי המנין מראה לאדם כי כל ישעו וכל חפצו להגיע אל הזמן ההוא' (חינוך, מצוה שו). לכן כמו אדם שנרגש לקראת דבר מסויים הוא מונה וחוזר ומונה מרוב התרגשות, כך גם כאן מונים כמה פעמים (מבלי לחזור פעמיים על אותו דבר, אלא אם יש אפשרות לספירה בשינוי אז סופרים בשינוי כעין לברר היטב שסופרים נכון מרוב התרגשות), שזהו ספירה בגילוי של פעמיים - פעם ע"פ ימים ופעם ע"פ שבועות. אולם נראה שיש בזה עוד עומק, שהספירה היא לקראת מתן תורה, ובמתן תורה קיבלנו את התורה על שני חלקיה, תורה שבכתב ותושב"ע (כמו שמובא בכמה וכמה מקומות בחז"ל שיש שתי תורות [לדוגמא '"והתורות" - מלמד ששתי תורות ניתנו להם לישראל; אחד בכתב ואחד בעל פה'. ספרא ויקרא כו,מו] וראה בהרחבה ועמקות בעניין זה ב'תורת המועדים' - 'היחס בין תושב"ע לתורה בכתב' למרן פאר הדור הרה"ג שלמה גורן זצוק"ל זיע"א). שבזה מובן שקיבלנו במתן תורה שני כתרים: 'דרש ר' סימאי: בשעה שהקדימו ישראל נעשה לנשמע, באו ששים ריבוא של מלאכי השרת, לכל אחד ואחד מישראל קשרו לו שני כתרים, אחד כנגד נעשה ואחד כנגד נשמע' וכו' (שבת פח,א). 'שני כתרים - מזיו שכינה' (רש"י). שלכאורה אמנם אמרו נעשה ונשמע, אבל מדוע שיקבלו שני כתרים, הרי שניהם מתפרשים על התורה, כך שהיה מספיק כתר אחד כנגד קבלת התורה? בפשטות כתר אחד על עצם הקבלה, וכתר אחד נוסף על ההיענות לקבל בכל מחיר, שזהו שהקדימו נעשה לנשמע (ואף בזה הם כמלאכים [כמו שנאמר בהמשך שזהו כרז שהמלאכים עושים] ולכן עוד כתר כעין שלא רק בני אדם שקיבלו תורה אלא גם מעמדם כמלאכים). אולם נראה יותר מזה, שלמד כרמז שקיבלו עליהם את התורה שבכתב ואת התושב"ע, שהתורה שבכתב זהו התורה של מעלה, ואילו תושב"ע זה התורה כפי שמתגלה במציאות שלנו. לכן "נעשה" זה תושב"ע - היא התורה למעשה, ו"נשמע" זהו תורה בכתב, שהיא משמיע לנו איך היה ראוי להיעשות מצד המעלה והחשיבות בחומרה העליונה; לדוגמא: בתורה בכתב נאמר "עין תחת עין", ובתושב"ע נילמד על תשלום כסף, שבמעשה זה תשלום, ובלימוד זה מלמד על החומרה שהיה כביכול ראוי שיוציאו לו את העין כנגד מעשיו, אלא שלמעשה אנו עושים כתושב"ע (ראה דברי מרן גדול הדור הרה"ג חיים דרוקמן שליט"א ב'הקדושה והטהרה' - "עין תחת עין" וכו'). לכן קיבלו שני כתרים מזיו השכינה, שבאים לגלות את התורה על שני חלקיה בעולם. לכן נראה שגם בספירת העומר שאנו מציינים את ההכנה לקראת קבלת תורה, יש שני גילויים, כנגד תושב"ע וכנגד תורה שבכתב, שזהו ספירה ע"פ ימים וספירה ע"פ שבועות. נראה שהספירה ע"פ הימים זה כנגד תושב"ע, שבמציאות בעולם לא רואים דבר שונה בשבת משאר הימים (או גילוי כל שהוא של חלוקה מצד המציאות הטבעית לזמנים של שבוע), כך שהתושב"ע שזהו הגילוי שמצד העולם יש ביטוי חזק דווקא של ימים, שבכל יום יש גילוי של יום חדש בטבע, ששוקעת השמש וזורחת. לכן זה בא לידי ביטוי בספירה ע"פ ימים, שסופרים מ"ט ימים, כנגד שמשה הביא לנו את התורה בשבועות והוא היה בדרגה של מ"ט שערי בינה: 'רב ושמואל דאמרי תרוייהו: חמשים שערי בינה נבראו בעולם, וכולם נתנו למשה חסר אחת, שנאמר (תהלים ח, ו) "ותחסרהו מעט מאלקים"' (חגיגה לח,א). 'ותחסרהו מעט - וזו היא אחת, שאותה אחת היה הקב"ה יתירה עליו' (רש"י). כך שצד האדם שזהו גילוי התושב"ע, מתגלה במ"ט, ולכן סופרים בהדגשה מ"ט יום. (ואף כעין רמז שעלו ממצרים ששם היו שקועים במ"ט שערי טומאה, ועכשיו עלו לקדושה). לעומת זאת כנגד התורה בכתב לא מציינים אלא את השבועות, כיון שמצד גילוי ה' שברא את העולם ע"פ התורה (ב"ר א,א), היה גילוי של ה' בעולם בשבוע הבריאה, ולכן כנגד התורה שבכתב סופרים ע"פ שבועות (שמצד ה' יש גילוי של שבוע לעולם). אולי לכן נאמר "עד ממחרת השבת השביעת תספרו חמשים יום", שהכוונה: '"עד ממחרת השבת השביעת תספרו" - ולא עד בכלל והן ארבעים ותשעה יום ... עד ממחרת השבת השביעית שהוא יום חמשים תספרו, ומקרא מסורס הוא' (רש"י), ז"א נאמר עד חמישים, ולא עד בכלל, שזה כרמז שיש חמישים שערי בינה אבל משה לא הגיע אלא רק עד מ"ט, שהגיע עד חמישים לא כולל (וזהו ותחסרה מעט, שהגיע עד כעין אלקים אבל לא עד בכלל, שלא היה כולל את השער החמישים), שזה מרמז על תושב"ע - ההתגלות שבבני אדם, שזהו "תספרו חמשים יום" שמלמד על ספירה ע"פ ימים. לכן לשיטת אמימר מונים כיום רק ימים כיון שאין מקדש אלא זה כזכר, שמעבר לפשט דבריו, אפשר בעומק שהספירה של השבועות זה כנגד תורה בכתב, שזה הצד העליון, וכיום כיון שאין מקדש, אין לנו את החיבור למעלה הגדולה של חיבור לדרגת התורה בכתב השמימית בשלמות, ולכן לא סופרים שבועות אלא רק ימים כנגדה תושב"ע. אולם אפשר גם להיפך, ששבועות זה כנגד תושב"ע, שהוא החיבור שלנו לה' בעולם, ששובתים כמו ה' בבריאת העולם וכך מתחברים לשליחותו בעולם. ואילו הימים זה כנגד תורה שבכתב כיון שהיא קדמה לעולם, הרבה לפני שהיה גילוי של שבועות בבריאת העולם, ולכן זה ע"פ ימים שזהו יחידות שמתחדשות, ולכן מגלים בהם את החיבור לה' (בלי קשר לכמציאות הפרטית בעולם שנוצרו בבריאה, שהתושב"ע מתייחסת לכל פרטי החיים). לכן נאמר "עד" בשבועות ("עד ממחרת השבת השביעת תספרו". אמנם זה לא המקור לספירת שבועות, אבל יש כאן רמז לשבועות), שזה כנגד התושב"ע, שעד ולא עד בכלל שהתגלה אצל משה, זה כגילוי של התושב"ע. ואילו "חמשים יום והקרבתם מנחה חדשה לה'", שזהו חמשים בשלמות כנגד גילוי ה', שאז מקריבים, שכמרמז שמצד הספירה של הימים (שנלמד מ"תספרו חמשים יום"), יש בזה גילוי כעין חמישים בשלמות, כיון שזה כנגד שערי הבינה של ה', כנגד תורה שבכתב שזה הצד של מעלה. אמנם גם בימים אנו לא סופרים חמישים כיון שלנו בעולם אין את החיבור לשלמות שערי הבינה של ה', ולכן בפועל לא סופרים אלא רק מ"ט כמו שיש ביכולתנו להגיע בקידוש העולם (ואז ביום החמישים מתחברים לה' במתן תורה, שהתורה היא דעת ה'). לכן הלימוד לספירת ימים זה מספר ויקרא, שזה נאמר כביכול ישירות מה' - מלמעלה, כנגד תורה שבכתב, ואילו הלימוד לספירת שבועות נלמד מספר דברים, שזה דברי משה, ולכן כעין מרמזים על התושב"ע (הגילוי שבקשר לאדם). לאמימר כיון שאין מקדש לא סופרים אלא רק את הימים, כיון ששבועות זה כנגד התושב"ע, שיורדת לכל פרטי המציאות בעולם ומקדשתם, אולם כיון שאין מקדש אין לנו את מלא הכח הגדול של הקדושה כדי לקדש הכל עד הפרטים הקטנים למעלה גדולה ושלמה, שזה דווקא כשיש מקדש שמחבר את השכינה לעולם שאז אפשר להעלות את כל העולם על כל פרטי פרטיו למעלת הקדושה השלמה, לכן בזה יש חסרון בגילויו בעולם ולכן לא סופרים כך (אלא רק ימים, שהתורה בכתב היא תמיד בשלמות, שבשמים אין חסרון בגילוי קדושה [ויש גם גילוי קדושה לתיקון העולם גם כיום, ולכן מגלים זאת כעין גילוי תורה בקדושה כללית לעולם, שזה נרמז בחיבור לתורה בכתב כעין רמז לחיבור כללי לקדושה בלי פרטי הפרטים בשלמות]). (שזה יהיה ההבדל ע"פ הסבר רש"י על הפס', בין מדרשו לפשוטו: '"עד ממחרת השבת השביעת תספרו" - ולא עד בכלל והן ארבעים ותשעה יום. "חמשים יום והקרבתם מנחה חדשה לה'" - ביום החמשים תקריבוה, ואומר אני זהו מדרשו; אבל פשוטו: עד ממחרת השבת השביעית שהוא יום חמשים תספרו, ומקרא מסורס הוא' [רש"י ויקרא כג,טז]. שלפשוטו זה כהסבר הראשון, ולמדרשו זה כהסבר השני).