בגמ' מסופר על הריגת חכמי ישראל ע"י ינאי המלך: ''דתניא: מעשה בינאי המלך שהלך לכוחלית שבמדבר וכיבש שם ששים כרכים, ובחזרתו היה שמח שמחה גדולה וקרא לכל חכמי ישראל. אמר להם: אבותינו היו אוכלים מלוחים בזמן שהיו עסוקים בבנין בית המקדש, אף אנו נאכל מלוחים זכר לאבותינו. והעלו מלוחים על שולחנות של זהב, ואכלו. והיה שם אחד, איש לץ לב רע ובליעל, ואלעזר בן פועירה שמו. ויאמר אלעזר בן פועירה לינאי המלך: ינאי המלך, לבם של פרושים עליך. ומה אעשה? הקם להם בציץ שבין עיניך. הקים להם בציץ שבין עיניו. היה שם זקן אחד ויהודה בן גדידיה שמו, ויאמר יהודה בן גדידיה לינאי המלך: ינאי המלך, רב לך כתר מלכות, הנח כתר כהונה לזרעו של אהרן. שהיו אומרים: אמו נשבית במודיעים. ויבוקש הדבר ולא נמצא. ויבדלו חכמי ישראל בזעם. ויאמר אלעזר בן פועירה לינאי המלך: ינאי המלך, הדיוט שבישראל כך הוא דינו? ואתה מלך וכהן גדול, כך הוא דינך? ומה אעשה? אם אתה שומע לעצתי, רומסם. ותורה מה תהא עליה? הרי כרוכה ומונחת בקרן זוית, כל הרוצה ללמוד יבוא וילמוד. אמר רב נחמן בר יצחק: מיד נזרקה בו אפיקורסות, דהוה ליה למימר: תינח תורה שבכתב, תורה שבעל פה מאי? מיד, ותוצץ הרעה על ידי אלעזר בן פועירה, ויהרגו כל חכמי ישראל. והיה העולם משתומם, עד שבא שמעון בן שטח והחזיר את התורה ליושנה' (קידושין סו,א). המעניין הוא שביר' כלל לא מובא הסיפור הזה. יותר מזה, בבבלי מובא סיפור על רבי שמעון בן שטח שברח בהקשר להריגת חכמי ישראל (ברכות מח,א), ואילו ביר' לא מובא בסיפור הזה אלא שברח בשל דבר שנעשה ע"י רשב"ש שהכעיס את ינאי המלך. כמו כן, יש בגמ' סיפור על רשעותו של ינאי: 'דעבדיה דינאי מלכא קטל נפשא. אמר להו שמעון בן שטח לחכמים: תנו עיניכם בו ונדוננו. שלחו ליה: עבדך קטל נפשא. שדריה להו. שלחו לי': תא אנת נמי להכא "והועד בבעליו" אמרה תורה, יבא בעל השור ויעמוד על שורו. אתא ויתיב. א"ל שמעון בן שטח: ינאי המלך עמוד על רגליך ויעידו בך, ולא לפנינו אתה עומד אלא לפני מי שאמר והיה העולם אתה עומד, שנאמר "ועמדו שני האנשים אשר להם הריב" וגו'. אמר לו: לא כשתאמר אתה, אלא כמה שיאמרו חבריך. נפנה לימינו, כבשו פניהם בקרקע, נפנה לשמאלו וכבשו פניהם בקרקע. אמר להן שמעון בן שטח: בעלי מחשבות אתם, יבא בעל מחשבות ויפרע מכם' וכו' (סנהדרין יט, א-ב). סיפור דומה לזה מצינו בתנחומא (והמדרש הוא מחכמי א"י): ''מעשה באחד שהיה לו דין עם מלך ממלכי בית חשמונאי, ועמד לפני שמעון בן שטח. אמר ליה: דין יש לי אצל המלך. אמר שמעון בן שטח להם, לאותן דיינין שדנין עמו: אם משגר אני בשביל המלך, אתם מוכיחים אותו? אמרו לו: הן. שגר בשבילו. בא, ונתנו את כיסאו וישב בצד שמעון. אמר לו שמעון בן שטח: עמוד על רגליך ותן את הדין. אמר לו: וכי דנין את המלך?! פנה לימינו, כבשו הדיינין את פניהם בקרקע. לשמאלו, כבשו פניהם בקרקע. בא המלאך וחבטן בקרקע עד שיצאה נשמתן. מיד נזדעזע המלך. מיד אמר ליה שמעון בן שטח: עמוד על רגליך ותן את הדין, שלא לפני אתה עומד, אלא לפני מי שאמר והיה העולם, שנאמר: "ועמדו שני האנשים אשר להם הריב לפני ה'”. מיד עמד על רגליו ונתן את הדין' (תנחומא "שופטים" סימן ז). אמנם לא מופיע בפירוש שזהו ינאי, אולם כיון שהסיפור מאוד דומה, וינאי הוא מלך חשמונאי, נראה שזהו אותו סיפור. בסיפור בתנחומא מדגישים שהם התביישו משאלת המלך, שלא כבבלי שמשמע שזה בשל שפחדו ממנו כיון שידעו את היותו מסוכן להם, אע”פ שהם באים על סמך דברי תורה. אף מובא בסיום שהמלך נעמד, כך שבסוף קיבל את דברי רשב"ש (זה נאמר לטובתו). הרי שיש הבדל עקרוני בין חכמי א"י ובבל, שכשהם באים לספר סיפור הם באים ללמד אותנו מוסר ואיך לראות את החיים. לכן כשסיפרו על העמדתו בדין, בבבלי השמיטו את שאלתו כדי להדגיש שהסיבה שפחדו לענות זה לא רק בגלל אי נעימות, אלא מהפחד ממנו, ואילו בתנחומא הביאו את שאלתו כדי לומר שהייתה לו טענה. נראה שכך גם חכמי א"י לא מביאים את הריגת החכמים ע"י ינאי, כיון שינאי הרגם בשל מרידה נגדו, כמו שמספר יוסף בן מתתיהו שינאי הרג בישראל בשל מרידות ופגיעה במלכותו (קדמוניות היהודים יג,ה). לכן הבבלי מדגיש את רשעותו, שהרג בישראל ולא פעל בהכנעה כלפי החכמים, כמו שהיה צריך לעשות, שזה בא ללמדנו עד כמה כבודם של הת”ח. ובכל אופן (גם למי שלא הכיר את הסיפור שהיה במציאות כמו שמספר יוסף בן מתתיהו) שומעים מכאן את הקושי שהיה לחכמי ישראל בזמן סוף המלכות החשמונאית. בזה משמיעים לנו מדוע נגרם לבסוף שהמלכות הזו תעלם מהעולם, שבזה גם מובא מוסר לנו- להזהר במעשינו, שלא נחשב כרשעים, אלא לתקן דרכנו ובכך בסוף ניגאל, תקום לנו מלכות. לעומת זאת, חכמי א"י רצו להדגיש את פעולתו בקשר למלכותו, כיון שבאו להדגיש את מעלת מלכות ישראל, שגם אם בפועל רצח בחכמי ישראל, עשה זאת בשל כבוד המלכות, וכך גם בסיפור של העמדתו לדין, ינאי טען כנגדם מצד כבוד המלכות-שאין לדון מלך. בזה באו חכמי א"י לחזק את היחס החיובי למלכות ישראל, שיש להתגעגע למלכות ולכן כשיהיה בידנו לפעול למען הקמתה. כיון שכל מלכות של ישראל, ואפילו הרעה, היא עדיפה על מלכות של גויים, כמו שברמב"ם כשמביא שחוגגים את חנוכה על החזרת המלכות אומר: 'וחזרה מלכות לישראל יתר על מאתים שנים, עד החורבן השני' (הל' מגילה וחנוכה ג,א) והרי אותם מאתיים שנה כוללים גם את מלכות ינאי הרשע וכיוצ"ב? אלא שכל מלכות של ישראל, ואפילו הרשעה, עדיפה על מלכות של גויים עלינו (שיש במלכותם דין של חורבן א”י). נ.ב. ביוסף בן מתתיהו (קדמוניות היהודים יג,ה ובמלחמת היהודים א,ד) מסופר שמרדו בו סמוך לזמן שכבש מקומות ואז הרג בישראל, שזה נשמע דומה לסיפור בגמ' שהרג כשחזר מכיבוש ששים כרכים.