'אמרו: שנים עשר אלף זוגים תלמידים היו לו לרבי עקיבא, מגבת עד אנטיפרס; וכולן מתו בפרק אחד מפני שלא נהגו כבוד זה לזה. והיה העולם שמם עד שבא ר"ע אצל רבותינו שבדרום ושנאה להם. ר"מ, ור' יהודה, ור' יוסי, ורבי שמעון, ורבי אלעזר בן שמוע; והם הם העמידו תורה אותה שעה. תנא: כולם מתו מפסח ועד עצרת. אמר רב חמא בר אבא ואיתימא ר' חייא בר אבין: כולם מתו מיתה רעה. מאי היא? א"ר נחמן: אסכרה' (יבמות סב,ב). העולם נברא ע"פ התורה: ' … כך היה הקב"ה מביט בתורה ובורא את העולם, והתורה אמרה "בראשית ברא אלקים", ואין ראשית אלא תורה, היאך מה דאת אמר (משלי ח, כב): "ה' קָנָנִי רֵאשִׁית דַּרְכּוֹ"' (ב”ר א,א). לכן מובן שכל מה שנעשה בעולם מרומז ויסודו בתורה. כעין שמובא: 'יתיב רבי יוחנן וקא מתמה, אמר: מי איכא מידי דכתיבי בכתובי דלא רמיזי באורייתא?' (תענית ט,א). אמנם אפשר להסביר בפשטות ששם הכוונה על מידות והדרכה לאדם ולא על הנעשה בעולם. אולם נאמר גם: 'משה מן התורה מנין? (בראשית ו, ג) "בשגם הוא בשר". המן מן התורה מנין? (בראשית ג, יא) "המן העץ". אסתר מן התורה מנין? (דברים לא, יח) "ואנכי הסתר אסתיר". מרדכי מן התורה מנין? דכתיב (שמות ל, כג) "מר דרור", ומתרגמינן: מירא דכיא' (חולין קלט,ב). הרי שלמדו שבתורה רמוז על הנעשה בעולם, שלכן נרמז על המן אסתר ומרדכי שזהו מעשה פורים; וכן דרשו על משה, והרי משה מופיע בפירוש בתורה? אלא הכוונה על התגלות משה בעולם, שהתורה רומז עליו, כיון שממנה יוצא כל המציאות שבעולם. לכן נראה לרמז על תלמידי ר"ע מהתורה, במעשה המבול. גזר הדין של המבול הגיע בעקבות שהיו רעים בין אדם לחברו ('א"ר יוחנן: בא וראה כמה גדול כחה של חמס, שהרי דור המבול עברו על הכל ולא נחתם עליהם גזר דינם עד שפשטו ידיהם בגזל, שנאמר (בראשית ו, יג) "כי מלאה הארץ חמס מפניהם והנני משחיתם את הארץ"' וכו' [סנהדרין קח,א]), שכך גם תלמידי ר"ע חטאו בבין אדם לחברו ועל זה נגזר דינם למות (ומתו באותו זמן כמו שבמבול מתו באותו זמן): 'וכולן מתו בפרק אחד שלא נהגו כבוד זה בזה' (ובגרסת המדרש מובא חטאם בצורה חמורה יותר: 'שהיתה עיניהם צרה אלו באלו' [ב”ר סא,ג]). ישנה מחלוקת בין ר"י ור"א מתי היה המבול, לשיטת ר"י זה היה באייר: 'דתניא: (בראשית ז, יא) "בשנת שש מאות שנה לחיי נח בחדש השני בשבעה עשר יום לחדש". רבי יהושע אומר: אותו היום י"ז באייר היה' וכו' (ר"ה יא,ב). ממילא לפי שיטתו (וכן הביא הראב"ע בפשטות בפס': 'הפשט שהוא אייר') יוצא שהמבול נעשה בי"ז אייר, כך שבו מתו כולם, ולמחרת לא מתו. יוצא שבי"ח אייר לא מתו, וזהו כעין תלמידי ר"ע שפסקו מלמות בל"ג בעומר (שו"ע תצג,ב). אמנם בתלמידי ר"ע מתו מקצתם (או הרבה) גם בל"ג בעומר [מ”ב, שם], אבל נחשב כעיקרון שאז 'פסקו מלמות', שאנו מחשיבים זאת כגילוי של הפסקת מיתה לכן עושים קצת שמחה (רמ"א שם), ולכן מזכיר את הפסקת המיתה במבול (אע”פ שבפועל כאן מתו וכאן לא, בכ”ז כיון שבמבול מתו כולם ביום י"ז אייר קשה לקרוא לזה שפסקו מלמות, ולכן נחשב למחרת, ואילו בתלמידי ר”ע כיון שמתו במשך כמה זמן אז יש בזה חשיבות של פסקו מלמות אע”פ שמתו גם בו). יותר מזה, שיש שהסבירו שבל"ג בעומר החל ר"ע ללמד את התלמידים השניים (או שאז סמך אותם), ממילא זה דומה למבול, שביום י"ז בתחילתו עוד היו בעולם אנשים (שאז מתו), ואילו בי"ח אייר (בכולו) נשאר רק מי שבתיבה, כך שאז ביום זה התגלה שרק הם בעולם, והם עיקר העולם, וכך אצל תלמידי ר"ע השניים התגלה שרק הם שקיימים, והם עיקר התורה, ומהם תעמוד התורה בעולם (כמו שהעולם עמד מבני נח). נאמר שנכנסו לתיבה שמונה: "בעצם היום הזה בא נח ושם וחם ויפת בני נח ואשת נח ושלשת נשי בניו אתם אל התבה" (בראשית ז,יג). ובמדרש מובא (בשונה מהגמ') שר"ע העמיד שבעה תלמידים: 'ובסוף העמיד שבעה: רבי מאיר, ורבי יהודה, רבי יוסי, ור' שמעון, ורבי אלעזר בן שמוע, ורבי יוחנן הסנדלר, ור' אליעזר בן יעקב. ואית דאמרי: ר' יהודה, ור' נחמיה, ורבי מאיר, רבי יוסי, ורשב"י, ור' חנינא בן חכינאי, ורבי יוחנן הסנדלר' (ב"ר סא,ג). כך שזה כעין מקביל לתיבה, שנח הוא העיקר, כעין ר"ע, ואיתו עוד שבעה, כעין שבעת התלמידים השניים של ר"ע. במבול העולם התרוקן וממילא נעשה שומם, כך גם בתלמידי ר"ע לאחר שמתו 'והיה העולם שמם'. במבול מתו בטביעה, שכך נחנקו, כמו שתלמידי ר"ע הראשונים מתו באסכרא שזו מחלה שגורמת לחנק. בתיבת נח קיבלו עליהם את שבע מצוות בני נח (כמו שמביא מרן פאר הדור הרה"ג שלמה גורן זצוק"ל זיע"א ב'תורת המקרא' פרשת "נח") ומאז זה ממשיך בעולם, וכך תלמידי ר"ע השניים מהם מסורת התושב"ע שממשיכה אצלנו, שהרי 'והם הם העמידו תורה אותה שעה', כך שדרכם עברה מסורת התורה; וכן מובא: 'דאמר ר' יוחנן: סתם מתני' ר' מאיר, סתם תוספתא ר' נחמיה, סתם ספרא רבי יהודה, סתם ספרי ר"ש; וכולהו אליבא דר"ע' (סנהדרין פו,א). כמו שבני נח קיבלו את שבע המצוות שלהם, כך בדומה התורה נחשבת דרך תלמידי ר"ע, ובתורה יש חמשה חומשים, ולכן כנגד זה היו לר"ע חמשה תלמידים שניים.