בתוך פרשת המועדים מוזכרת גם מצוות ספירת העומר המחברת בין פסח לשבועות: "וספרתם לכם ממחרת השבת שבע שבתות תמימות תהיינה. עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום וגו'" (ויקרא כג טו). ימי הספירה הם כ'חול המועד' המחבר את פסח ושבועות למועד אחד, בדומה לחול המועד סוכות: "וצוה בחג המצות שבעה ימים בקדושה לפניהם ולאחריהם וכו', ומנה ממנו תשעה וארבעים יום, שבעה שבועות כימי עולם, וקדש יום שמיני כשמיני של חג, והימים הספורים בינתיים כחולו של מועד בין הראשון והשמיני בחג, והוא יום מתן תורה וכו', ולכך יקראו רבותינו ז"ל בכל מקום חג השבועות עצרת, וכו'" (רמב"ן ויקרא כג לו). מצוות הספירה נועדה לחבר בין פסח לשבועות - שני אירועים מכוננים בהיווצרות של עם ישראל: יציאת מצרים ומתן תורה. הם קשורים זה בזה משום שמתן תורה היתה התכלית של יציאת מצרים: "משרשי המצוה (ספירת העומר א.ש.) על צד הפשט, לפי שכל עיקרן של ישראל אינו אלא התורה, וכו'. והיא העיקר והסיבה שנגאלו ויצאו ממצרים כדי שיקבלו התורה בסיני ויקיימוה" (החינוך - מצוה שו). היציאה מעבדות לחרות פיזית לעצמאות מדינית, קשורה למתן תורה שבו התגבשה הזהות הרוחנית העצמית של עם ישראל, וצביונו התרבותי היחודי, שהפך אותו לבן חורין גם מבחינה רוחנית: "הקנין של יציאת מצרים הוא קנין האופי העצמי שבחירות האומה, העמדה על התכונה הנשמתית, מחופשה מכל מועקת זרים, והתכונה של מתן תורה הלא היא אותו האור האלהי שראוי להקלט רק [בהיות] (העצמית) [העצמות] הישראלית כבר משוכללה ומוצאה לאור. החודש האמצעי, ירח זיו, הוא אשר קלט בו את ההכשר המורכב של[העצמות] הטפוסית הישראלית והקליטה העליונה של אור התורה שהוכשרו עי"ז, ומתוך אופיו המיוחד וכו'" (עין אי"ה שבת פז ב אות נה).

בספירת העומר יש מסר לדורות שבעם ישראל החרות המדינית והחרות הרוחנית תרבותית הם שני צדדים של אותה מטבע הנצרכים זה לזה. אין חרות רוחנית ללא חרות פיזית. שעבוד לעם זר משעבד גם לתפיסותיו הרוחניות. גם החרות המדינית אינה שלימה ללא צביון עצמי רוחני. שכן בעם ישראל המוטיבציה לבנות את המסגרת המדינית נובעת מהאידיאלים והערכים הרוחניים היחודיים שלו. המסגרת המדינית מבקשת להגשים אותה בצורתה ובאופן התנהלותה.  

זהו גם מהות הקשר בין יום עצמאות ויום ירושלים. יום העצמאות מבטא את הקמת המדינה ויצירת המסגרת המדינית הריבונית. יום ירושלים מבטא את השיבה לירושלים השלמה ולערכים הרוחניים של הקודש שהיא מייצגת, ערכים שנובעים מהמסורת היהודית ששורשה בדת היהודית.

במערכת הבחירות האחרונה עלתה לדיון בצורה חריפה סוגיית 'הפרדת הדת מהמדינה'. כמו בסוגיות דומות אופן הצגת השאלה מכתיב את העמדות שיבואו לידי ביטוי במהלך הדיון. הכותרת 'הפרדת הדת מהמדינה' מעידה על זיקתו לדיון שהתקיים לפני כמאתיים שנה: "separation of church and state" (הפרדה בין הכנסייה והמדינה - מיוחסת לפילוסוף האנגלי ג'ון לוק). כהתקוממות נגד שליטת הכנסיה הנוצרית במדינה ובחוקיה. מודל המדינה היהודית שונה בצורה מהותית. המדינה המערבית במהותה היא מדינה ככל המדינות שהוקמה כדי להיות מסגרת שתשרת את אזרחיה ותספק את צרכיהם החברתיים הכלכליים התרבותיים והבטחוניים. החוקים של מדינה שכזו אמורים לאפשר זאת ולהתבסס על נסיון ההתנהלות והפרקטיקה, ולהקבע ע"י נבחרי  הציבור ונציגיו. הכנסיה כפתה את עצמה על המדינה כגוף שלטוני שיכתיב את חוקיה. לעומת זאת 'מדינה יהודית' היא מודל ייחודי. היא הוקמה משום שהעם היהודי ביקש להקים לעצמו מסגרת מדינית ריבונית שמסגרתה וחוקיה ישקפו את ערכיו הרוחניים והתרבותיים של העם היהודי שמקורם בדת היהודית. על כן גם אם ניתן וראוי לדון מהם ערכים אלה, לא ניתן להפריד ביניהם ובין המדינה שכן אז תאבד המדינה היהודית את צביונה היחודי. אדרבא יש לחזק את הזיקה ביניהם כדי שמדינת ישראל תהיה מדינת מופת ערכית ומוסרית ברוח היהדות.