"ויאמר ה' לנח בא אתה וכל ביתך אל התבה כי אתך ראיתי צדיק לפני בדור הזה. מכל הבהמה הטהורה תקח לך שבעה שבעה איש ואשתו ומן הבהמה אשר לא טהרה הוא שנים איש ואשתו. גם מעוף השמים שבעה שבעה זכר ונקבה לחיות זרע על פני כל הארץ" (בראשית ז,א-ג). 'ומי הוו טמאין וטהורין בההיא שעתא? א"ר שמואל בר נחמני א"ר יונתן: מאותן שלא נעבדה בהן עבירה. מנא הוו ידעי? כדרב חסדא, דאמר רב חסדא: העבירן לפני התיבה, כל שהתיבה קולטתן בידוע שהוא טהור, אין התיבה קולטתן בידוע שהן טמאין. רבי אבהו אמר: אמר קרא (בראשית ז, טז) "והבאים זכר ונקבה" הבאין מאיליהן' (זבחים קטז ,א). 'מי הוו - הרי לא נתנה תורה. הבאין מאיליהן - וכל אותן שבאו אל התיבה מאיליהן באו, ובהן הכיר אותם שבאו שבעה שבעה ידע שהן טהורין, ושבאו שנים שנים שהן טמאין' (רש"י). יש שהקשו לפי הדעה של ר"י שהכוונה לחיות טהורות שלא נעשה נעשה בהם איסור, אז למה ציווה ה' שיקח מהם שנים ולא שלח לתיבה מאותם שלא חטאו, וממילא יכניס מהם שבעה? נראה שזה קשור בכך שלשון טומאה וטהרה, גם משתמע כסוג החיה האם היא מזן טהור או טמא (שזהו פשט הלשון בטהורה), והנה על הסיבה של מדוע נאסרו החיות האסורות באכילה (יש כמה שיטות בראשונים) ע"פ הרמב"ן הסיבה היא משום הטבע שלהם: '"ואנשי קדש תהיון לי" - טעם הכתוב הזה כי עד הנה הזכיר המשפטים והזהיר בדברים המכוערים, ועתה כשבא להתחיל באיסור המאכל פתח ואמר "ואנשי קדש תהיון לי", שראוי הוא שיאכל האדם כל מה שיחיה בו ואין האסורין במאכלים רק טהרה בנפש שתאכל דברים נקיים שלא יולידו עובי וגסות בנפש. על כן אמר "ואנשי קודש תהיון לי", כלומר אני חפץ שתהיו אנשי קדש בעבור שתהיו ראויים לי לדבקה בי שאני קדוש לפיכך לא תגאלו נפשותיכם באכילת הדברים המתועבים. וכך אמר (ויקרא יא מג-מד) "אל תשקצו את נפשותיכם בכל השרץ השורץ ולא תטמאו בהם ונטמתם בם כי אני ה' אלקיכם והתקדשתם והייתם קדושים כי קדוש אני". והנה השרצים משקצין הנפש, והטרפה אין בה שקוץ אבל יש בשמירה ממנה קדושה' (רמב"ן שמות כב,ל). וכן: ' ... כי המאכלים האסורים גסים יולידו עובי ואטימות בנפש' (רמב"ן דברים יד,ג). ממילא יוצא שבמאכלים האסורים יש בטבעם מזג רע, ממילא ע"פ זה נראה להסביר שדבר זה שבמזגם השפיע בזמן שהעולם כולו חטא עד שהחיות חטאו ברביעה אסורה, שאותם החיות האסורות חטאו עוד יותר, כיון שבטבעם הם עכורים יותר. לכן בחיות הטהורות אע"פ שגם בהם חטאו רבים, בכ"ז היה אפשר למצוא כאלו שלא חטאו, אבל באותם חיות טמאות הם הושפעו והתדרדרו עד שלא היתה בנמצא שום חיה שלא חטאה, לכן לא נשאר ברירה אלא לקחת גם מאותם שחטאו, אבל נלקחו מהם רק שנים כדי למעט את השפעת עברם, שאם היו כמה הם היו עדיין נמשכים לעברם, אבל ע"י שהיו רק זוג (והם נמשכו בעיקר למינם) אז הם התחנכו להיות ישרים להתחבר רק לזה שנשאר (בנוסף לזה שכיון שלא נשארו במינם אז פחות היתה קבוצתיות לחטא, ולכן זה השפיע לבטל את עברם הרע), וכך יצא תיקון לחטא שלפני המבול שהיו פרוצים ברביעה וערבוב בכל החיות (לכן גם מודגש "איש ואשתו", שאע"פ שאין אישות בחיות, בכ"ז זה בא להדגיש שהמטרה היא לחבר חיבור ראוי כעין איש ואשתו, ולא פרוצים כמו שהיו עד עכשיו). ר"ח אומר שנח העביר את החיות לפני התיבה, והתיבה הייתה קולטת את הטהורות, ואילו ר"א (שמפרש שטהורים וטמאים הכוונה על החיות האסורות ומותרות לאכילה) אומר שבאו 'מאיליהן'. נראה שבכוונה לא אמר ר"י שבאו מאליהן, שבא לרמז בזה על הנאמר בזוהר שהתיבה הייתה כמו ארון הברית (בתרגום: 'מִי זוֹ הַתֵּבָה? [זה] אֲרוֹן הַבְּרִית. וְנֹחַ וְהַתֵּבָה לְמַטָּה כָּךְ הֵם כְּמוֹ דֻגְמָא [זו] שֶׁלְּמַעְלָה. בְּנֹחַ כָּתוּב בְּרִית, שֶׁכָּתוּב "וַהֲקִימֹתִי אֶת בְּרִיתִי אִתָּךְ". וְעַד שֶׁהִתְקַיֵּם בּוֹ בְּרִית לֹא נִכְנַס לַתֵּבָה, שֶׁכָּתוּב "וַהֲקִימֹתִי אֶת בְּרִיתִי אִתָּךְ וּבָאתָ אֶל הַתֵּבָה". וְאָז הָיְתָה הַתֵּבָה אֲרוֹן הַבְּרִית' [זוהר בראשית נט,ב]). שכיון שהתיבה הייתה כארון הברית, אז בכל המעמד הזה היה כעין דוגמת בית מקדש, ולכן כמו שהיו בודקים סוטות במקדש, כך גם התיבה הייתה בודקת מי שחטא מבין החיות, והחיה שהייתה טהורה הייתה התיבה מקבלת, ומי שחטאה התיבה לא הייתה מקבלת (אמנם בלית ברירה הייתה נותנת להכניס, כיון שכך ה' ציווה כדי שישאר מאותו המין, אבל באופן מידי הייתה דוחה אותה בשל קשר לקדושה כעין המקדש).