"וידבר ה' אל משה לאמר. דבר אל בני ישראל ואמרת אלהם כי תבאו אל הארץ אשר אני נתן לכם וקצרתם את קצירה והבאתם את עמר ראשית קצירכם אל הכהן. והניף את העמר לפני ה' לרצנכם ממחרת השבת יניפנו הכהן" וגו' (ויקרא כג,ט-יא). 'העומר היה בא עשרון משלש סאין... העומר היה מנופה בשלש עשרה נפה' (משנה מנחות ו,ו-ז). 'העומר היה בא עשרון משלש סאין – מנחת העומר שמביאין ממחרת הפסח היו קוצרין שלש סאין, דהיינו איפה שעורים, וטוחנין אותו, ומניפין אותו בנפה י"ג פעמים עד שמעמידים סלתו על עשרון, שהיא עשירית האיפה. וטעמא דבעי עשרון של עומר שלש סאים של שעורים, כיון דמתבואה חדשה הוא ושל שעורים יש בהן סובין הרבה וסולת מועט ולא אתי עשרונו מובחר אלא משלש סאין' (ברטנורא). 'שנקריב ביום שני של פסח, יתר על המוסף של שאר ימי הפסח, כבש בן שנתו לעולה ועומר אחד של שעורים הנקרא עומר התנופה, שנאמר (ויקרא כג, י): "כי תבואו אל הארץ וגו'" (שם, יא) "והבאתם את עומר ראשית קצירכם אל הכהן והניף את העומר וגו' ממחרת השבת". ותרגומו מבתר יומא טבא, כלומר ביום שני של פסח, שהרי בפסח איירי בפרשה שלמעלה מזה, ונאמר שם (שם, יב) "ועשיתם ביום הניפכם את העומר כבש תמים בן שנתו וגו'". וקרבן זה של עומר נקרא מנחת ביכורים, ואליה הוא הרמז באמרו יתברך (שם ב, יד) "ואם תקריב מנחת בכורים לה' אביב קלוי באש וגו'". ולשון מכילתא (משפטים קפב), כל אם ואם שבתורה רשות חוץ משלשה שהם חובה, וזה אחד מהם. ואמרו שם, אתה אומר חובה או אינו אלא רשות, תלמוד לומר "תקריב את מנחת בכוריך", חובה ולא רשות. וענין המנחה כן, שהיו מביאין שלשה סאין שעורין ומוציאין מן הכל עשרון אחד שהוא מנופה בשלש עשרה נפה, והשאר נפדה ונאכל לכל אדם, וחייב בחלה ופטור מן המעשרות. ולוקחין זה העשרון של סולת השעורים ובוללין אותו בלוג שמן, ונותנין עליו קומץ לבונה כשאר המנחות, ומניפו הכהן במזרח מוליך ומביא מעלה ומוריד, ומגישו כנגד חודה של קרן מערבית דרומית כשאר המנחות, וקומץ ומקטיר, והשאר נאכל לכהנים כשיירי כל המנחות. משרשי המצוה, כדי שנתבונן מתוך המעשה החסר הגדול שעושה השם ברוך הוא עם בריותיו לחדש להם שנה שנה תבואה למחיה, לכן ראוי לנו שנקריב לו ברוך הוא ממנה, למען נזכור חסדו וטובו הגדול טרם נהנה ממנה, ומתוך שנהיה ראויין לברכה בהכשר מעשינו לפניו תתברך תבואתינו ויושלם חפץ השם בנו, שחפץ מרוב טובו בברכת בריותיו. ונצטוינו בזה בשני של פסח ולא בראשון, כדי שלא נערב שמחה בשמחה, כי הראשון נכון לזכר הנס הגדול שהוציאנו ברוך הוא מעברות לחירות, מיגון לשמחה' וכו' (ספר החינוך מצוה שב). אולי אפשר שאנו מודים לה' על התבואה (ולכן מאז מותר לאכול מהתבואה החדשה), וזה קשור לקשרנו לתורה, כיון 'אם אין קמח, אין תורה. אם אין תורה, אין קמח' (אבות ג,יז). לכן למחרת יציאתנו ממצרים, כשאנו מופרדים מהמצרים (להבדיל מהיום הראשון שעוד הינו במצרים עד הבוקר שיצאנו), אז מגלים את קשרנו לתורה ולחיבור העולם לקדושה. [וכן עכשיו יצאנו ממצרים, והולכים למתן תורה]. לכן סופרים ספירת העומר מקרבן העומר עד שבועות – חג מתן תורתנו, שקשורים זה בזה. עיקר התורה היא בארץ (ספרי “עקב” מג), לכן החיוב מתחיל מהגעתנו לארץ. העומר היה בא מקצירה של שלוש סאין, כרמז לשלושה אבות שלמדו תורה ושמרו את מצוותיה (יומא כח,ב), ואנו ממשיכים את דרכם, וכך התורה נתנה לנו כהמשך הבחירה בהם (כמעשה אבות סימן לבנים). בנוסף, התורה נתנה בחודש השלישי ("בחדש השלישי לצאת בני ישראל מארץ מצרים" וגו' [שמות יט,א]). (וזהו כמות של 'איפה', כרמז שהתורה מחברת אותנו בכל מקום לה', 'איפה' שנהיה, היא מצווה מצוות שילוו אותנו ['דבר אחר, מהו "כִּי לִוְיַת חֵן"? אמר רבי פנחס בר חמא: לכל מקום שתלך המצות מלוות אותך' וכו'. דברים רבה ו,ג]). את הקמח מנפים ב13 נפות עד שנשאר עשירית האיפה, כרמז לעשרת הדברות, שבהם כל התורה מתומצתת ברמז ('חנניה בן אחי רבי יהושע אומר: בין כל דבור ודבור דקדוקיה ואותיותיה של תורה, דכתיב (שה"ש ה, יד) "ממולאים בתרשיש" כימא רבא'. יר' שקלים ו,א). לכם עשרון כרמז לדברות, ומנופה בי"ג נפות, כרמז למידות שהתורה נדרשת בהם, שכך כל התורה נדרשת בריכוז בתוך עשרת הדברות. ומוסיפים לוג שמן, כרמז לריכוז התורה כמו שמתגלה במציאות הטבעית, שזהו כמו גלי הים: 'רשב"ל כד הוה מטי הדין קרייה, הוה אמר: יפה למדני חנניה בן אחי רבי יהושע, מה הים הזה בין גל גדול לגל גדול גלים קטנים, כך בין כל דיבור ודיבור דקדוקיה ואותיותיה של תורה' (יר' שם). כך השמן הנוזלי מרמז על המים בים, ובכמות לוג כרמז לגל. בנוסף, בשמן מושחים מלכים, כך גם אנו בני מלך – בנים של ה' (“בנים אתם לה' אלקיכם". דברים יד,א). דבר זה בא לידי ביטוי בכך שה' נתן לנו את השבת, שבזה אנו מתנהגים כמותו, מתדמים לו, ששובתים בשבת כמותו. שזהו כביטוי להיותנו בניו, בני מלכו של עולם (להבדיל מגוי ששבת, שחייב מיתה). לכן לוג שמן, שהשמן מרמז על היותנו משוחים לקדושה ומלכות ה' (ככה"ג וכמלך), כמו שמתבטא בשבת, ולכן 'לוג', גימטריה של 'ל"ט' אבות מלאכה בשבת. השבת קשורה לכל התורה: 'אמר רבי יהושע בר נחמיה: אמר להם הקדוש ברוך הוא לישראל: שמרו את השבת שהיא שקולה כנגד כל התורה. כתיב בשבת: "שמור את יום השבת" (דבר' ה יב), ובתורה, "כי אם שמור תשמרון" (שם יא כב)' (תנחומא “כי תשא” סימן לג), כך שקשורים התורה והשבת, ולכן יש ביטוי לשבת כביטוי לכל התורה, כרמז שלכן זכינו לקבל את התורה, בשל היותנו בני ה', כמו שבא לידי גילוי בשבת (וכן ע”י התורה אנו מתקנים את העולם להיות קדוש לעתיד לבא, שהוא כשבת ['שבת אחד מששים לעולם הבא'. ברכות נז,ב]). ושמים קומץ לבונה, שהיא ריח טוב, כרמז לבנ"י שמקדשים שם שמים במעשים ובתורה, זה מתבטא כריח ניחוח לה', שעושים נחת רוח לה', כעין ריח טוב (הריח הוא כעין רוחני, שנהנה מהריח שהוא גשמי דק ביותר, ולכן כמבטא רמז להנאה רוחנית). וזה קומץ שלוקח בידו, כרמז שה' לקחנו ממצרים "ביד חזקה" (דברים כו,ח). [וכן בשלוש אצבעות כרמז ל"דבר" שהוא שלוש אותיות ('"ביד חזקה" – זו הדבר, כמ"ש "הנה יד ה' הויה במקנך אשר בשדה" וגו''. ספרי בפס'). וכן מרמז על שלושת האבות, שה' בחר בהם באהבתו אותם].