בשמחת תורה אנו גומרים את קריאת התורה שערכה שנה. כיום זה מקובל בכל המקומות, אולם פעם היו מנהגים שונים, כמו שמביאה הגמ': '… לבני מערבא דמסקי לדאורייתא בתלת שנין' (מגילה כט,ב) 'דמסקי אורייתא - מסיימין חמשה חומשין פעם אחת לשלש שנים ולא בכל שנה כמו שאנו עושין' (רש"י). והביא מרן פאר הדור הרה"ג שלמה גורן זצוק"ל זיע"א ('מועדי ישראל'- 'שמחת תורה בא"י ובבבל') שגם בתקופת הגאונים היו המנהגים האלו. בספר 'החילוקים' (מח) אנשי המזרח (הכוונה לבבל) עושין שמחת תורה בכל שנה. ובנ"י א"י לשלוש שנים ומחצה'. וכן מספר ר' בנימין מטולדה בסיורו במצרים: 'ושם שני בתי כנסיות, אחת לאנשי א"י- כניסיה אל שאמיין, ואחת כנסת אנשי בבל- כניסיה אל עיראקיין. ואינם נוהגים מנהג אחד בפרשיות ובסדרים של תורה, כי אנשי בבל נוהגים לקרות בכל שבוע פרשה, כמו שעושין בכל ספרד, ובכל שנה מסיימין את התורה. ואנשי א"י אינם נוהגים כך, אבל עושים בכל פרשה שלושה סדרים ומסיימים את התורה לסוף שלוש שנים'. וכן מובא ברמב"ם: 'המנהג הפשוט בכל ישראל, שמשלימין את התורה בשנה אחת... ויש מי שמשלים את התורה בשלוש שנים, ואינו מנהג פשוט' (תפילה יג,א). והסביר מרן הגאון ששיטת בבל שמצמידה את התחלת וסיום התורה לסוכות, מבוסס על שיטת ר"א שבתשרי ניברא העולם (ר"ה י,ב), ולכן קבעו לקרוא את "בראשית" בצמידות לבריאת העולם. ועוד יש חשיבות ע"פ הקבלה 'שבימים נוראים חוזר העולם המטאפיסי למצב שבו היה נתון הקוסמוס כולו בזמן בריאת העולם. ובקריאת מעשה בראשית אנו משחזרים, כביכול, את אשר התרחש בימי בראשית, שהוא בבואה נאמנהלמה שחוזר ומתרחש כעת מחדש בכל העולמות המטאפיסיים' וכן קבלת התורה בפועל (לוחות שניים) היתה ביוה"כ. לכן מסיימים ומתחילים מחדש בסיומם של ימי חג סוכות, 'משום שבחודש זה נברא העולם, ובו קיבלנו את התורה ועלינו לשחזר זאת באותו זמן עצמו'. ואילו מנהגי א"י סברו כר"י (בניסן), ולכן לא שייך להצמיד לחודש תשרי. (עד כאן קיצור דבריו). והנה צריך להבין מדוע גמרו בא"י רק פעם בשלוש או שלוש וחצי שנים?- בפשטות היה ניראה שבא"י היו גזרות של הגוים, כמו שידוע שהקשו על היהודים בא"י, אבל בבבל היה להם רוגע, ולכן כאן קיצרו את הקריאה כדי שלא להמצא בבית כנסת יותר מדי זמן לעיני הגוים. אולם זה קשה לומר, משום שאם כך אז מדוע במצרים גם עשו כך (אולם אינו כ"ך קשה, כיון שאפשר שנהגו כמו א"י אע"פ ששם לא היתה הסיבה) וכן למה דווקא בשלוש שנים?- לכן ניראה שראו עניין בשלוש שנים, אולי זה משום שנאמר על מזוזה: 'מזוזת יחיד נבדקת פעמים בשבוע' (יומא יא,א) ונאמרו סמוך: “ולמדתם אתם את בניכם לדבר בם בשבתך בביתך ובלכתך בדרך ובשכבך ובקומך, וכתבתם על מזוזות ביתך ובשעריך" (דברים יא,יט-כ) אז אולי לכן מלמדו שיש עניין של שלוש וחצי שנים בלימוד התורה כעין בדיקת הפס' שבמזוזה. אולי זה קשור לדברי קרח: 'בית מלא ספרים, מהו שיהא פטור מן המזוזה? אמר לו: חייב במזוזה. א"ל: כל התורה כולה רע"ה פרשיות אינה פוטרת את הבית, פרשה אחת שבמזוזה פוטרת את הבית? אמר לו: דברים אלו לא נצטוית עליהן ומלבך אתה בודאן ' (במד"ר יח,ג) לכן היו אולי קוראים בתורה בדימוי למזוזה, לומר שאנו מאמינים בתורת משה. ואולי גם בדרך זו גם גם היו בודקים שלא נקרבה, כמו סיבת בדיקת המזוזה. אולם בתפילין לא צריך לבדוק, כך שיש הבדל בין המזוזה שמחוץ לבית, קרוב לגשמים וכדו', לבין תפילין וס"ת שמוגנים, ולכן אין לומר מטעם זה. ואולי בא"י כיון שיש מחלוקת בין ר"א ור"י על מתי ניברא העולם, אז היו גומרים את הקריאה בשלוש וחצי שנים, שכך פעם היו מסיימים בתשרי ופעם בניסן (שהוא חצי שנה לאחריו). ואולי אפשר שבא"י היו מאריכים בהסברים על התורה (ובפרט על הנ”ך), בשל עמידה כנגד הנוצרים, ולכן היו מביאים יותר דרשות, ולכן קיצרו בקריאת התורה. אולי לכן ישנם תרגומי ירושלמי (המכונים תרגום ירושלמי, ותרגום יונתן) שהם מאריכים מאוד על הסבר הפס', שאולי היו קוראים אותם כמו שקראו את תרגום אונקלוס בבבל (ובא"י היו קוראים שניהם, או שלא קראו את אונקלוס) ולכן כיון שהוא ארוך יותר (ובפרט אם קראו אותם בנוסף לאונקלוס) אז קיצרו את קריאת התורה כדי שלא להאריך יותר מדי. ואולי היו נוהגים לחזור ע"פ שלוש שנים, כנגד הפעמים שמשה עלה לסיני, שזה כקשר לעניין התורה אצלנו (כיון שגם הפעם השניה שהיתה לכפרה היא כדי שיסלח ויתן שוב את התורה). או כנגד הפעמים שהתורה ניתנה לישראל: 'ור' עקיבא אומר: כללות ופרטות נאמרו בסיני, ונשנו באהל מועד ונשתלשו בערבות מואב' (חגיגה ו,ב). או שזה כנגד מצוות הקהל, שהיא לאחר שבע שנים, ולכן כנגד הקהל שהיא כעין מעמד מתן תורה, קראו פעמיים בזמן הזה, כיון שאין זה במעלת מעמד הקהל לכן פעמיים כנגד שפחות.