מנשה נולד בתחילת שבע שנות השפע, ואפרים נולד כשנה, שנתיים או שלוש אחריו. כאשר יעקב בא למצרים בגיל 130 שנה, בשנת הרעב השנייה, מנשה היה כבן שבע או שמונה ואפרים צעיר ממנו. בגיל הזה היה קל לזהות מי הבכור ומי הקטן.

עיני יצחק בן המאה כהו, והוא ברך את יעקב במקום את עשו. בדומה לאביו, סביר שגם עיני יעקב בגיל 130 כבדו מזוקן והוא ולא היה יכול לראות (בראשית מח י). סביר שזאת הפגישה הראשונה של יעקב עם בני יוסף, ולכן יעקב לא זיהה אותם ושאל 'מי אלו' (ח).

לפי סדר הפרקים, יעקב עמד למות בגיל 147 שנה, אולם בזמן הזה בני יוסף היו מעל גיל עשרים והיו תמירים כיוסף, בלי הבדל גובה בגלל הבדל הגילים. סביר שהפגישה שבה ברך יעקב את אפרים ומנשה קרתה מיד בבואו של יעקב למצרים ובני יוסף היו ילדים ולא אנשים בוגרים, לכן נאמר שיוסף הוציא אותם מעם ברכיו  (יב). כמובן שאפשרי שיוסף בא עם בניו פעם נוספת, כאשר יעקב עמד למות ונתן את ברכתו לבניו.

כאשר יוסף הגיש את בניו ליעקב שיכירם ויברכם, הוא חשב שאביו אינו חכם מספיק ואינו רואה טוב, ולכן, כדי להקל על אביו, הוא הפך את בניו בכדי שמנשה הבכור יהיה משמאלו, ויופיע מימין יעקב. יוסף הביא את בניו ליעקב, ולא הכריז ליעקב מי הוא מנשה הבכור. יעקב חשב שיוסף אינו חכם מספיק כדי לדעת איך להגיש את בניו לפניו, ולכן  הצליב את ידיו והסביר 'כִּי מְנַשֶּׁה הַבְּכוֹר' (יד). מכאן ניתן להסיק שיעקב לא ראה ולא זיהה שיוסף העמיד את מנשה משמאלו, וחשב שיוסף מחזיק את מנשה הבכור מימינו, במקום המכובד, ולכן הוא יהיה משמאלו של יעקב, וכדי לברך את מנשה הבכור בכבוד רב מאחיו הצעיר, יעקב הצליב את ידיו (יד)

הכתוב משתמש בפועל 'שכל' (שפרושו אינו לצלב את ידיו אלא חוכמה – רש"י), דבר שמראה שיוסף ויעקב היו גם חכמים משכילים עם שכל, וגם סכלים, שעשו ביחד טעות גדולה.

כל הסיפור מזכיר את ברכת יצחק, כאשר גם שם יצחק היה כבד ראיה, ויעקב הצעיר, במרמה, קיבל את ברכת אחיו הבכור. אז, כמו היום, יש אנשים שמאמינים, בטעות, שמחלה היא סימן לעונש משמים, ולכן יצחק התבייש להודות בעיוורונו ולא שאל משרת מי עומד לפניו, ויעקב התבייש להודות בעיוורונו ולא שאל את יוסף איפה עומד מנשה. כאשר יוסף ניסה לשנות והתלונן, יעקב אמר בטרוניה ליוסף 'ידעתי בני ידעתי' (יט), והוא למעשה מודה שהוא לא ידע, אולם מתעקש לא להודות בטעותו.

כיוון שהדבר קרה, וידו הימינית של יעקב כבר הייתה על ראש אפרים, בטעות, יעקב הרגיש שידו הימנית היא על ראש הקטן הנמוך, וסביר שהוא החליט שאלוהים גרם לטעות הזאת. יעקב הצדיק את עצמו ואמר, 'יָדַעְתִּי בְנִי יָדַעְתִּי  גַּם הוּא יִהְיֶה לְּעָם, וְגַם הוּא יִגְדָּל, וְאוּלָם, אָחִיו הַקָּטֹן יִגְדַּל מִמֶּנּוּ, וְזַרְעוֹ, יִהְיֶה מְלֹא הַגּוֹיִם' (יט). ואכן למרות ששבט מנשה היה גדול בהרבה משבט אפרים, בכל זאת אפרים התקיף לקח מנהיגות לעצמו על כל השבטים (מלבד על שבט יהודה), התנהג בשררה, קרע את העם, עשה הרע בעייני אלוהים, דבר שהביא לאובדן ממלכת ישראל ועשרת השבטים.

ניתן לחשוב שיעקב למעשה רצה למנות את אפרים מעל מנשה מראש, כי כבר בתחילת הפגישה הזאת, יעקב שם את אפרים לפני מנשה ואמר, 'אֶפְרַיִם וּמְנַשֶּׁה, כִּרְאוּבֵן וְשִׁמְעוֹן יִהְיוּ לִי' (ה). ייתכן שיעקב רצה למנוע מיוסף למלוך על אחיו כפי שיוסף חלם בחלומו השני על השמש והירח, ולכן הוא נמנע מלהשתחוות ליוסף. ייתכן שיעקב חשב שאפילו אם יוסף ימלוך על אחיו, הוא רצה למנוע ממנשה למלוך על בני ישראל אחרי יוסף, ולכן הוא לקח את הבכורה ממנו. יוסף הבין זאת וסרב להיות מלך על  אחיו (נ יט), וכך נמנעה המלוכה מאפרים ומנשה. חלום הנבואה השני של יוסף התגשם ביציאת מצרים כאשר אל השמש והירח וכל שאר אלי מצרים השתחוו לאלוהים שעשה בהם שפטים.