בספירת העומר אנו סופרים את הימים שבין יציאת מצרים למתן תורה, כמו שמביא החינוך: 'משרשי המצוה. על צד הפשט, לפי שכל עקרן של ישראל אינו אלא התורה, ומפני התורה נבראו שמים וארץ, וכמו שכתוב (ירמיהו לג כה) "אם לא בריתי יומם ולילה" וגו', והיא העקר והסבה שנגאלו ויצאו ממצרים, כדי שיקבלו התורה בסיני ויקימוה, וכמו שאמר השם למשה (שמות ג יב) "וזה לך האות כי אנכי שלחתיך בהוציאך את העם ממצרים תעבדון את האלקים על ההר הזה”. ופרוש הפסוק הוציאך אותם ממצרים, יהיה לך אות שתעבדון את האלקים על ההר הזה, כלומר, שתקבלו התורה שהיא העקר הגדול שבשביל זה הם נגאלים והיא תכלית הטובה שלהם, וענין גדול הוא להם יותר מן החרות מעבדות, ולכן יעשה השם למשה אות בצאתם מעבדות לקבלת התורה, כי הטפל עושין אותו אות לעולם אל העקר. ומפני כן, כי היא כל עקרן של ישראל ובעבורה נגאלו ועלו לכל הגדלה שעלו אליה, נצטוינו למנות ממחרת יום טוב של פסח עד יום נתינת התורה להראות בנפשנו החפץ הגדול אל היום הנכבד הנכסף ללבנו כעבד ישאף צל, וימנה תמיד מתי יבוא העת הנכסף אליו שיצא לחרות, כי המנין מראה לאדם כי כל ישעו וכל חפצו להגיע אל הזמן ההוא … ואם תשאל אם כן למה אנו מתחילין אותו ממחרת השבת, ולא מיום ראשון? התשובה כי היום הראשון נתיחד כלו להזכרת הנס הגדול, והוא יציאת מצרים, שהוא אות ומופת בחדוש העולם ובהשגחת השם יתברך על בני אדם, ואין לנו לערב בשמחתו ולהזכיר עמו שום דבר אחר, ועל כן נתקן החשבון מיום שני מיד. ואין לומר היום כך וכך ימים ליום שני של פסח, שלא יהיה חשבון ראוי לומר ליום שני, ועל כן התקן למנות המנין ממה שנעשה בו, והוא קרבן העמר, שהוא קרבן נכבד, שבו זכר שאנו מאמינים כי השם ברוך הוא בהשגחתו על בני אדם רוצה להחיותם ומחדש להם בכל שנה ושנה זרע תבואות לחיות בו' (החינוך, מצוה שו). 'א"ר אבון ור' נחמיה ור' יעקב בר אבא בשם ר' יהודה ברבי סימון: ר' יוחנן ורשב"ל היא. רי"א: לעולם אל תהי מצות העומר קלה בעיניך, שע"י מצות העומר זכה אברהם לירש את ארץ כנען, הה"ד (בראשית יז, ח): "ונתתי לך ולזרעך אחריך", ע"מ (שם, ט) "ואתה את בריתי תשמור", ואיזה זה? מצות העומר. ריש לקיש אמר: לעולם אל תהי מצות העומר קלה בעיניך, שעל ידי מצות העומר עשה הקב"ה שלום בין איש לאשתו הוי אומר בזכות קמח שעורים. אמר רבי אבהו ורבי סימון ורבי יהושע בן לוי: היא שעמדה להם בימי גדעון … ארשב"נ: היא שעמדה להם בימי חזקיהו … ורבנן אמרו: היא שעמדה להן בימי יחזקאל … ר' לוי אמר: היא שעמדה להם בימי המן' וכו' (ויק"ר כח,ו). (ראה ב'לזמן הזה', ניסן, 'ספירת העומר – מדוע לעומר', למרן גדול הדור הרה”ג חיים דרוקמן זצוק”ל זיע"א). נראה שמכאן ראיה לדברי החינוך, שאומר ר"י שהעומר מבטא את "ואתה את בריתי תשמור", שזהו רמז לתורה, שהברית מילה מראה שאנו קשורים לה' וממילא זה גם דורש מאיתנו לעבוד את ה' (וזהו שגם התורה נקראת ברית “כה אמר ה' אם לא בריתי יומם ולילה חקות שמים וארץ לא שמתי” [ירמיהו לג,כה; ראה נדרים לב,א]). אלא שלא ברור איך קשור העומר עם התורה? (ואכן החינוך אומר שאומרים לעומר כיון שזה הדבר הנעשה ביום השני, ולא שזה עניין שמגלה על התורה [אמנם הוא מגלה על השגחת ה' בעולם ומחיהו ומחדש הזרע, כך שמראה שה' ברא את העולם ומשגיחו, ולכן מובן שגם דורש מאתנו להיות מתנהגים כרצונו, שזהו ע”י התורה]) בא ר"ל ומוסיף שזה מתבטא בשלום בין איש ואשתו, שזה רמז לחטא עץ הדעת ששם החלה התאוה הגשמית (שבזה גם בא הריב בין בני הזוג, שזה משורש תאות שרוצים בכבודם וכדו', שאם לא היה משיכה לתאות אלא רק ע”פ שכל ישר היו רואים כל הזמן שראוי להיות בחיבור גמור בין בני הזוג), ובפרט יצר הערוה הגדול (שלכן אז ראו שהם עירומים), שזהו הגילוי בסוטה שנחשדת בחטא זנות (מתאוה לאחר), ולדעת ר' יהודה זה היה מין דגן ('ר"י אומר: חטה היתה, שאין התינוק יודע לקרות אבא ואמא עד שיטעום טעם דגן' [ברכות מ,א], בפשטות אומר אבא ואמא כי זה הקריאה הראשונית של התינוק, אולם אולי גם רומז לחיבור בין בני זוג, שהם בשלום ולכן מגדלים את הילד יחד כראוי ולכן קורא לשניהם; שזה מרמז שיש לזה גילוי בסוטה במנחת דגן – שעורים, שמבטא את הקלקול שבעץ הדעת [אמנם בעץ הדעת היה חיטה כיון שזהו סוג דגן שהוא משובח משעורים ולכן הוא המשובח וראוי לתאוה, ועוד שראוי שיהיה עץ משובח כראוי – לקיים את צו ה' בדבר מכובד; וכשאכלו עדיין לא חטאו ממש בערוה, ולכן זה מתבטא בחיטה, להבדיל משעורים שזה בחטא שנעשה כבהמה פרוצה]). לכן בקרבן שעורים במנחת העומר מתחיל התיקון של עץ הדעת, ונגמר בחג שבועות שאז מקריבים שתי הלחם שזה מחיטה, כתיקון גמור לעץ הדעת, שאז הוא מתגלה כחיוב, שאדם שולט ביצריו ולא נגרר אחריהם כבהמה (ששעורים זה מאכל בהמה), שזה ע"י התורה שמתקנת את דעת האדם, ולכן שתי הלחם כרמז לשני העצים – עץ הדעת ועץ החיים, שע"י התורה (עץ החיים) האדם שולט ביצרו (עץ הדעת [כעין שלא לאכול מעץ הדעת]). לכן סופרים מ"ט יום שזהו בספירה עד חמישים יום לא כולל: "עד ממחרת השבת השביעת תספרו חמשים יום והקרבתם מנחה חדשה לה'” (ויקרא כג,טז), כנגד שבסיני התורה נתנה למשה, והוא הגיע עד לשער המ"ט מתוך נ' שערי בינה: 'רב ושמואל דאמרי תרוייהו: חמשים שערי בינה נבראו בעולם, וכולם נתנו למשה חסר אחת, שנאמר (תהלים ח, ו) ותחסרהו מעט מאלקים"' (נדרים לח,א), לכן כנגד קבלת התורה מראים חמישים, שאז מתן תורה – שבתורה יש חמשים שערי בינה, אבל סופרים מ"ט כי לכך הגיע משה שקיבל והעביר אלינו את התורה שנתנה בשבועות. (לכן גם סופרים שבעה שבועות, כרמז לבריאה שבשבעה ימים, שבאים לתקן את העולם מהקלקול שנעשה בעץ הדעת בזמן הבריאה). בהמשך מביאים חכמים על כמה זמנים שבהם העומר הציל את ישראל, שזהו בשל שהתורה מגינה ומצילה (סוטה כא,א), ולכן העומר שמבטא את התורה הוא מבטא את ההגנה של התורה. בסוף מביא ר' לוי שהגן העומר בזמן המן ומרחיבים בזה מאוד, כיון ששם ממש היה בסוף גילוי של תורה (שקיבלו עליהם את התורה מרצון [שבת פח,א]), והתברר שכל הנס הגדול שניצלנו קשור לתורה, והוא רמוז בעומר (ולכן זה מה שלימד מרדכי, שהוא היה זה שסובב את נס פורים).