מדברי התוס' בד"ה הראשון בש"ס, וגם בע"ב ד"ה א"ל ר"י מוכח שס"ל שזמן קריאת שמע תלוי בהגדרת זמן לילה (זמן תפילת ערבית, וע"פ מחלוקת חכמים ורבי יהודה בזה) ולא בזמן שכיבה.

ויש לדון בזה:

א. לכאורה לא מסתבר לחבר בין זמן התפילה לזמן קריאת שמע. זה זמנה בלילה וזה זמנה "בשכבך". וכפי שכותב הר"ן על הרי"ף, שאפילו אם הגיע זמן לילה וערבית "מכל מקום אין מי שעולה למיטתו בשעה זו, ועדיין אין השעה כשרה לקריאת שמע של בשכבך".

ב. לכן נראה לענ"ד שתוספות פוסקים כפי דעת רב יהודה שמובאת בגמרא לקמן כא. שקריאת שמע דרבנן, וביאר אביי שדורש "בשכבך ובקומך" על דברי תורה.
ממילא אין זמן קריאת שמע תלוי בזמן שכיבה, אלא הוא מצווה דרבנן שחיובה בלילה.

ג. אמנם צ"ע, שכל הסוגיות משמע בפשטות שקריאת שמע דאורייתא, ונלמד מ"בשכבך ובקומך".

ריש הגמרא: "תנא היכא קאי דקתני מאימתי? ...בשכבך ובקומך".

וכן בית הלל ובית שמאי נחלקו בדרשת "בשכבך ובקומך" אם קאי על צורת האמירה או על זמנה, אבל פשיטא להו שקאי על קריאת שמע.

גם רבי טרפון שהיטה לקרות וסיכן בעצמו מפני הליסטים לחוש לדעת בית שמאי - לכאורה עשה כן מפני "ספק דאורייתא לחומרא" (אלא שטעה בכך ש"בית שמאי במקום בית הלל אינה משנה", ואפילו לחוש אין צורך).

ושמא יש לומר לדעת רב יהודה ש"בשכבך ובקומך" היינו אסמכתא בעלמא לתקנה דרבנן של קריאת שמע, ונחלקו איך תיקנו וכו'. ועדיין צע"ג.

ד. לפי זה, דברי הירושלמי "למה קוראים אותה בבית הכנסת? כדי לעמוד בתפילה מתוך דברי תורה" יתפרשו: כיוון שסבירא ליה שאין מצווה דאורייתא של קריאת שמע, מדוע תיקנו חכמים לקוראה בבית הכנסת בתפילת ערבית?
אלא תיקנו כן כדי שיעמוד אדם לתפילה מתוך דברי תורה.