בראש הפרשה עניין טומאה וטהרה. גם כשיש פרה אדומה (שנזכה בב"א) צריך המיטהר לטבול במקווה כשר. טבילה במים חיים היא הבסיס לכל הליך של טהרה, בין באדם בין בכלים. רוב הטבילות בזמננו אינן טבילות מצווה, למעט טהרת הנידה שמצווה היא וטבילתה בברכה.

בנוסף לכך, משום "סרך טומאה" נצטווינו (מדרבנן) על נטילת הידיים, ואף לברך עליה, ככל מצווה מדרבנן.  נטילה בברכה נוהגת לפני אכילת פת שברכתה המוציא, וכן בבוקר לאחר השינה, בהקפדה על נטילה ג"פ לסירוגין, משום רוח רעה. רופאים ואנשי צוות (וכן חולים) שהיו ערים במהלך הלילה ולא ישנו שינה מסודרת אפילו לשעה קלה, ספק אם מחויבים בנטילת הבוקר, ולכן יעשו זאת ללא ברכה (או"ח,ד,י"ג). לדעת הפוסקים האשכנזים, יוכלו לברך ענט"י אחרי שירותים גם לאחר "לילה לבן" (משנ"ב,סק"ל) ואילו הפוסקים הספרדים לא חילקו וסברו שאין לברך (בא"ח ברב פעלים; כה"ח מ"ו סקמ"ט;ברכ"י). ספק דומה מהצד ההפוך של המטבע קיים לאחר שנת יום ממשית. גם כאן -יטול ללא ברכה, כי יתכן ודווקא הלילה הוא הגורם לרוח הטומאה.

נטילת ידיים ג"פ לסירוגין משום טומאה נוהגת גם ביציאה מבית עלמין או מאהל המת (יו"ד,שע"ו,ד ברמ"א). אחר נטילה זו נהוג שלא לנגב, אא"כ נטל פעם רביעית על כל יד שאז יוכל לנגבם (הרב נבנצל שליט"א בשם הגרשז"א).  

יש מצבים נוספים המחייבים נטילת ידיים, אך ללא ברכה. רובם מופיעים בראשונים, כגון: אחרי בית הכסא ובית המרחץ, לאחר נגיעה ברגליים או בנעליים ועוד (או"ח,ד,י"ח). בגמרא (פסחים קי"ב,א) נזכרו מצבים בהם אדם עלול להיכנס לפחד ודאגה בלתי מוסברים, בשל אי נטילת ידיים: אחרי הקזת דם, אחרי גזיזת שיער או ציפורניים ועוד. הרמב"ם כמובן לא הזכיר זאת, אך השו"ע הביאם (שם,סי"ט). לאור זאת התייחסו פוסקי זמננו לשאלה האם יש צורך ליטול ידיים לאחר ביצוע בדיקת או תרומת דם. כי בתקופת המשנה והתלמוד הקזת דם היתה נעשית בתדירות קבועה לצורך שמירת הבריאות –דהיינו כטיפול. והיות וכל העניין הינו סגולתי, לא רציונאלי –אין לך אלא חידושו, והוצאת דם למטרת בירור או תרומה אינה טיפול רפואי לנותן הדם כך שאינו כהקזה שעליה מדובר בגמרא (נשמ"א בשם הגרשז"א). ויש שהצריכו נטילה אחרי התרמה, משום שזה לרפואת אחרים אך לא אחרי הוצאת דם לבדיקה שנועדה רק לבירור ("בדמייך חיי" בשם הגריש"א).