בספירת העומר ישנם כמה מחלוקות, שמתייחסים עליהם בפסיקת ההלכה: א. האם המצווה היא רק לספור בלילה, ואילו ביום (אם שכח בלילה) אינו יכול לספור (דעת ר"ת). או שאם שכח בלילה יכול בדיעבד לספור ביום בלי ברכה (בה"ג). שמחלוקתם תלויה מה ניפסק בדין קרבן העומר, האם יכול להקריב בדיעבד ביום או שלא. ב. האם כל הימים הם גוש אחד, ולכן אם שכח יום אחד לא סופר יותר (בה"ג). או שכל יום הוא עומד בפני עצמו, ולכן יכול להמשיך לספור בשאר הימים (רא”ש, תוס' ועוד). ג. האם בימנו שאין קרבן העומר אז גם אין מדאורייתא דין לספור את ספירת העומר, ומה שסופרים כיום זה מדרבנן (רא"ש ועוד). או שגם כיום הספירה דאורייתא ומה שהתורה אמרה בהקשר לקרבן העומר זה רק לציון זמן, ולא שתלוי זה בזה, ולכן כיום זה דאורייתא (רמב"ם). אמנם כל מחלוקת תלויה בסיבותיה (כיצד להבין את הדין ופסיקת הלכה בגמ'), אולם אולי אפשר למצוא קצת קשר ביניהם בחיבור רעיוני, שהנה מצוות ספירת העומר מתחילה ביום שאחרי יו"ט ראשון של פסח, "וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עמר התנופה שבע שבתות תמימת תהיינה" (ויקרא כג,טו) כך שניראה שקשור אליו קצת. והנה ישנה מחלוקת בחז"ל על קרבן פסח, עד מתי יכולים לאכלו (ומימלא גם האפיקומן שלנו..) האם עד חצות הלילה או עד הבוקר 'דתניא (שמות יב, ח) "ואכלו את הבשר בלילה הזה" ר"א בן עזריה אומר: נאמר כאן "בלילה הזה" ונאמר להלן (שמות יב, יב) "ועברתי בארץ מצרים בלילה הזה”, מה להלן עד חצות אף כאן עד חצות. אמר לו ר"ע: והלא נאמר "חפזון" עד שעת חפזון' וכו' (פסחים קכ,ב). הרמב"ם פסק כדעה שעד הבוקר ואילו הרא"ש פסק כדעה שעד חצות. והנה בדברי ראב"ע מודגש החיבור עם הכאת ה' את מצרים, שה' ירד בעצמו (”ועברתי" אני ולא שליח) ולכן מודגש מעלתם הגדולה של בנ"י בקדושתם, בקרבתם לה'. לכן הרא"ש שפסק בפסח עד חצות, גם בספירת העומר פסק רק כשיש את קרבן העומר שמוקרב בביהמ"ק שהוא מחברנו במעלה גדולה ושלמה לה', ולכן כיום זה דרבנן. לעומת זאת לדעת ר"ע שאכילתו עד הבוקר, זה גם אחרי שאין את שיא מעלתנו, עדיין יש השפעה שלנו בעולם לעיני הגוים שאנו קשורים לה' (ולכן עדיין רצו שנצא, אע"פ שעיקר חפזון שלהם היה בחצות, במכת בכורות שזה היה שיא ההתגלות. 'א"ר אבא: הכל מודים כשנגאלו ישראל ממצרים לא נגאלו אלא בערב, שנאמר (דברים טז, א) "הוציאך ה' אלקיך ממצרים לילה", וכשיצאו לא יצאו אלא ביום, שנא' (במדבר לג, ג) "ממחרת הפסח יצאו בני ישראל ביד רמה". על מה נחלקו? על שעת חפזון, ר' אלעזר בן עזריה סבר: מאי חפזון? חפזון דמצרים, ורבי עקיבא סבר: מאי חפזון? חפזון דישראל. תנ"ה: "הוציאך ה' אלקיך ממצרים לילה", וכי בלילה יצאו והלא לא יצאו אלא ביום, שנא' "ממחרת הפסח יצאו בני ישראל ביד רמה"? אלא מלמד שהתחילה להם גאולה מבערב' [ברכות ט,א]. הרי שעיקר הגאולה היתה בערב, שאז היה השיא). ולכן בדומה ספירת העומר כיום, אע"פ שאין את הקרבת קרבן העומר בביהמ"ק, עדיין יש לספירה ערך השפעה בעולם, ולכן עדיין זה מדאורייתא, וכך פסק הרמב"ם (שאכילת הפסח עד הבוקר והספירה כיום דאורייתא). אולי אפשר גם לחבר זאת האם בדיעבד סופרים גם ביום, שאם פסח הוא עד חצות, אז הוא רחוק מהיום, ולכן גם בספירת העומר לא קשור ליום. ואם אכילת הפסח עד הבוקר אז יש קשר לבוקר (כמו שבנ"י יצאו בבוקר, שזהו החפזון שלהם) ולכן בדיעבד יכול לספור גם ביום, וכך פסק הרמב"ם, 'שכח ולא מנה בלילה מונה ביום' (הל' תמידים ז,כג), וזה גם מתאים לשיטתו שסובר שכיום זה דאורייתא, ומה שנאמר הקשר לקרבן העומר זה רק לעניין קביעת הזמן, מימלא אפילו אם סובר שהעומר לא קרב ביום בדיעבד, הרי העומר לא מעכב את ספירה, ולכן אין מניעה לספור ביום (ולעניין ברכה לכאורה מפשטות לשונו משמע שגם מברך ביום, אולם מדבריו בהל' כה: 'וצריך לברך בכל לילה בא"י אמ"ה אקב"ו על ספירת העומר קודם שיספור', משמע שרק בלילה מברך, אולם תלוי אם בא באמירתו 'לילה' למעט את היום או שאמר כעיקר הדין שסופר בלילה, ולכן נקט לילה. ובכ"א גם אם לא מברך, זה מצד דין שנאמר "תמימות" שאינו תמים כשכבר יום). והנה ניראה שהגוים לא רואים את מעלתנו השלמה בגלות (בשל שפלותינו בגלות) ולכן אולי לא סופרים ביום אלא רק בלילה, שמקצת מעלתנו כן רואים אף בגלות, אבל לא כל מעלתנו, ולכן אין לספור ביום שכנגד המעלה השלמה שלנו, כיון שאין רואים זאת בנו תמיד (ולכן אין לספור בכלל, או לא לכתחילה). והנה העומר בא בזמן הדין על התבואה 'א"ר יהודה משום ר"ע: מפני מה אמרה תורה הביאו עומר בפסח? מפני שהפסח זמן תבואה הוא, אמר הקב"ה: הביאו לפני עומר בפסח כדי שתתברך לכם תבואה שבשדות. ומפני מה אמרה תורה הביאו שתי הלחם בעצרת? מפני שעצרת זמן פירות האילן הוא, אמר הקב"ה: הביאו לפני שתי הלחם בעצרת כדי שיתברכו לכם פירות האילן' (ר"ה טז,א). 'שהפסח זמן תבואה הוא - זמן שהתבואה נידונת בו. שתי הלחם - ירצו על פירות האילן שהן מתירין להביא בכורים שאין מביאין בכורים קודם לעצרת דכתיב (שמות לד) "בכורי קציר חטים". ואני שמעתי דרבי יהודה לטעמיה דהא אזלא כמאן דאמר בסנהדרין (דף ע:) עץ שאכל אדם הראשון חטה היתה' (רש"י). מימלא ניראה שכיון שהחיטה היא חלק מהתבואה, וגם בשבועות מקושר לחיטה (מטעם עץ), אז ניראה שספירת העומר רומזת לעליה ממעלה נמוכה (כמו שהיו ביציאת מצרים שקועים בשער המ”ט בטומאה), שקועים בחטא ותאוות, בשל כח יצה"ר בעולם מעץ הדעת, אל עבר המעלה הגדולה והקדושה של מתן תורה שבה מנצחים את יצה"ר, '..כך הקב"ה אמר להם לישראל: בני, בראתי יצר הרע ובראתי לו תורה תבלין' וכו' (קידושין ל,ב). לכן במתן תורה 'דתניא רבי יוסי אומר: לא קיבלו ישראל את התורה, אלא כדי שלא יהא מלאך המות שולט בהן, שנאמר (תהלים פב, ו) "אני אמרתי אלהים אתם ובני עליון כלכם", חבלתם מעשיכם, "אכן כאדם תמותון"' (ע"ז ה,א), הרי שמתן תורה בא לבטל את כח עץ הדעת שגרם למיתה בעולם. וכך אנו עולים בספירת העומר מעלה מעלה בקדושה, ולכן בשבועות החיטה נחשבת כעץ שלכן בזה מתברכים פירות האילן, כהתייחסות ישירות לעץ הדעת (שהחיטה נחשבה בו כעץ), כדי לומר שע"י התורה מתקנים חטא זה. מימלא ספירת העומר מייצג את תיקון העולם מעץ הדעת, ולכן כיון שיש כיום גם גלויות, וזה קשור לעגל שפגמו ולכן לא הגיעו למדרגת לעתיד לבא (שהוא כמלאכים שלא מתים) שלכן נישארנו עם הייסורים בעולם, וזה קשור לעץ הדעת (שעדיין מתים), לכן התיקון הוא בלילה, לומר שבאים לתקן את החושך, בהיותנו בחושך, ולא בשלמות שלעתיד לבא. לכן לא סופרים (לגמרי או לכתחילה) ביום. וכן, שאין כוחנו כיום בשלמות כיון שעדיין קשורים תחת כח הרוע והגלויות שבעוה"ז, ולכן היום שמייצג את הטוב הגמור שלעתיד לבא, בו לא סופרים את העומר. אבל לבה"ג שסובר שכל הימים הם אחד, שלכן מי שלא ספר יום אחד לא סופר יותר, אז הכל גוש אחד מאוחד. ומימלא אם הכל מאוחד סימן שזה קשור לימנו, כיון שלעתיד לבא לא יהיה רוע וחושך הגלויות, ולכן הימים לא מייצגים את הלעתיד לבא אלא את הזמנים הטובים שיש לנו בעוה"ז, גם כשאנו לא בשלמות, כיון שמאוחדים הלילה והיום יחד (שאין חילוק במשך הזמן שבספירה, בשל אחדותו), ולכן גם סובר שיכול לספור ביום בדיעבד, כיון שהתיקון מעץ הדעת קשור גם ליום, אבל כמובן שעיקרו בלילה שהוא שיא הופעת הרוע מעץ הדעת ולכן יש צורך ועניין חזק בתיקונו, ולכן בו העיקר. ולרמב"ם שספירת העומר היא שלא בשיא מעלתנו, כמו שהעמדנו שקשור לשכנגד זמן היציאה שכבר לא בשיא המעלה, אז גם הימים הם לא כנגד שיא המעלה, כמו שביציאת מצרים הימים לא היו שיא המעלה [כי עיקר הגאולה וגילוי שכינה בחצות] ולכן הימים הם כנגד ימנו, בימים הטובים, ולא כנגד לעתיד לבא שהוא כיום מושלם במעלתו, ולכן יכול לספור ביום אם לא ספר בלילה.