"לקח את ספר התורה הזה ושמתם אתו מצד ארון ברית ה' אלקיכם והיה שם בך לעד" (לא,כו) 'ארון שעשה משה אמתים וחצי ארכו ואמה וחצי רחבו ואמה וחצי קומתו באמה בת ששה טפחים והלוחות ארכן ששה ורחבן ששה ועביין שלשה מונחות כנגד ארכו של ארון כמה לוחות אוכלות בארון שנים עשר טפחים נשתיירו שם שלשה טפחים צא מהן טפח חציו לכותל זה וחציו לכותל זה נשתיירו שם שני טפחים שבהן ספר תורה מונח שנאמ' "אין בארון רק שני לוחות האבנים אשר הניח שם משה" מאי "אין בארון רק" מיעוט אחר מיעוט, ואין מיעוט אחר מיעוט אלא לרבות ס"ת שמונח בארון ...דברי ר"מ. ר' יהודה אומר באמה בת חמשה טפחים.. וארגז ששיגרו בו פלשתים דורון לאלקי ישראל מונח מצדו.. ועליו ס"ת מונח שנאמר "לקוח את ספר התורה הזה ושמתם אותו מצד ארון ברית ה'" מצד הוא מונח ולא בתוכו' וכו' (ב"ב יד, א-ב). ר"מ ור"י חלקו על מיקום הס"ת שנאמר בפס', שכל אחד ממקם אותו ע"פ המידה של הארון לשיטתו שכך יש ריווח או אין בשביל הס"ת בתוך הארון. אולם ניראה שיש כאן גם מחלוקת עקרונית בתפיסה של הדברים, שכך מרומז בשיטתם בגודל. לר"י זה 5 טפחים באמה, רמז לתורה שבכתב, שהיא ברורה לפניך, כך בארון יש חשיבות לדברים ברורים, ולכן בתוך הארון ישנם בנוסף ללוחות את שמות ה', שניכתבו בגלוי. לעומתו לר"מ זה 6 טפחים באמה, רמז לתושב"ע, וע"י התושב"ע אנו מגלים בתורה את השמות שחבויים שם, שמרומזים בתורה כל השמות של ה', ולכן גם הוא מקומו בתוך הארון. וזהו כמו שהלוחות השבורים בתוך הארון, ובהקשרם חלקו, ע"פ ר"מ זה נילמד מ-"אשר שברת ושמתם" מלמד שהלוחות ושברי לוחות מונחין בארון' ואילו לר"י הפס' אומר:"אשר שברת" אמר לו הקב"ה למשה יישר כחך ששברת'. שלר"י זה אומר שה' הסכים לו במפורש, ואילו לר"מ זה אומר שישימם בארון. וע"פ זה אפשר לומר שנאמר "שברת ושמתם" כביכול הסיבה ש"שמתם" שם זה בגלל שאתה "שברת" שזה מכוחך, כעין התושב"ע שמכח למודנו שאנו מגלים את השמות ראוי לס"ת להיות שם. ולכן אח"כ בגמ' מופיע 'סדרן של נביאים', כיון שנבואה חלה ע"פ אותיות התורה  שמתגלות אצל הנביאים בסדר שונה כנבואה ('היהודי הקדוש') ולכן בענייננו זה רמז לעומקה של התורה ע"י התגלות אצלנו (כמו גילוי השמות). ולכן כשחלקו ר"י ור"מ הלכה כר"י כיון שהוא יותר פשט לעומת ר"מ שיותר מסתכל על הדרש לעומקו, ולכן בהלכה שזה פשט הלכה כר"י, שזהו 'א"ר אחא בר חנינא גלוי וידוע לפני מי שאמר והיה העולם שאין בדורו של רבי מאיר כמותו ומפני מה לא קבעו הלכה כמותו שלא יכלו חביריו לעמוד על סוף דעתו' (עירובין יג,ב) . ואולי זהו 'בתורתו של ר״מ מצאו כתוב כתנות אור' (בראשית רבה סוף פרשה כ') שהתורה אומרת "עור" והוא ראה בזה כאילו כתוב "אור" כי אצל ר"מ יש ראיה ישירה לדרשה בעומק התורה כאילו זה פשט. לכן לר"מ זה בתוך הארון כאילו מבורר בשמותיו, ואילו לר"י זה ליד, מבחוץ שזה כהתגלות בעולם, ולכן מחוץ לארון כרמז להתגלותו כלפינו. והנה הס"ת הזה הוא לעדות כשיחטאו (כנאמר בפס') ולכן מזכיר את מחלוקת ר"י ור"מ "בנים אתם לה' אלקיכם" בזמן שאתם נוהגים מנהג בנים אתם קרוים בנים אין אתם נוהגים מנהג בנים אין אתם קרוים בנים דברי ר"י, ר"מ אומר בין כך ובין כך אתם קרוים בנים' וכו' (קידושין לו,א) שכשיחטאו ע"פ ר"י הם אינם כבנים כיון שבגלוי אינם מתנהגים כך, ואילו לר"מ תמיד קרואים בנים בשל נשמתם שזהו הצד הפנימי שבנו, וכך בדומה ס"ת בפנים רמז לפנימיות לר"מ, ולר"י בחוץ רמז לגילוי החיצוני. ואולי גם זה מרמז על איך לימנע מחטא, לר"י זה ע"י גילוי תורה, שמקיף עצמו בתורה וקדושה וכך לא יבוא לחטוא, ואילו לר"מ זה לעסוק בניסתרות התורה, פנימיות התורה, וכך לא יבוא לחטוא. ואולי רמז לדרכו של ר"מ בעמקות נירמז ב'ר"מ רמון מצא תוכו אכל קליפתו זרק' (חגיגה טו,ב) שיכל לברר את הטוב מאלישע בן אבויה כיון שכיון לעומק ולא לחוץ וכך לא הושפע מחיצוניותו הרעה של "אחר" שהרשיע.