לאחר שהבנו את כוחו וחשיבותו של הרובד הפנימי והנעלם שבאדם, הנקרא תת-מודע ועל השפעתו על חיינו, אנו ניגש אל דרכי הטיפול בו וארגונו מחדש.     
 
בראש ובראשונה נצטרך לעשות סדר בערוגות הקיימות, לעקור את הקוצים והדרדרים ולזרוע זרעים חדשים, אשר בהמשך הדרך יניבו אילנות טובים ופירות מתוקים. בתחילת הנקיון הפנימי, נוכל להיתקל בעשבים שוטים ובצמחי פרא שגדלו כבר ימים ושנים והניבו פירות משלהם, הבאים לידי ביטוי באמונות ובחכמות של שקר, שרכשנו לעצמנו, במידות רעות ובהנהגות ותאוות של הצד השלילי.
 
כאן אנו צריכים לפעול בעדינות, בחכמה ובסבלנות. המהפך אינו יכול להיווצר ביום אחד, נדרשת לזאת עבודה פנימית ועמוקה ולפעמים גם לאורך זמן. האדם הורגל בצורת חיים מסוימת, בצורת חשיבה, בתאוות ויצרים, הוא קנה לעצמו מידות ובלתי אפשרי הדבר, שיהפוך ויתקן הכל בפעם אחת.
 
עלינו לצעוד בצורה איטית ומדודה, לא לעשות דברים שאינם בכוחנו או למעלה ממדרגתנו, עלינו להיות סובלניים ולקחת הכל בשמחה. לפעמים נצליח ולפעמים נכשל, אך תמיד עלינו לזכור, שעבודת התיקון עצמה היא העיקר, לא ההצלחות והכישלונות. לפעמים נראה דברים, שיראו לעינינו כנפילה, ככישלון, אך למעשה הם בניין גדול לנפש והצלחה גדולה במקומות אחרים, לדוגמא אדם שעבד על עצמו ופתאום נכשל באיזה דבר מסוים, הרי זה יכול להראות ככישלון, אך למעשה זה בא להכניע לו את הגאווה שהייתה בו. עלינו להעריך וליקר כל נקודה טובה שהצלחנו לעשות, כל התגברות וכל שינוי, אל לנו להביט אף פעם לאחור, לא להסתכל על הצד השלילי ולראות רק את הצד החיובי, שבו הצלחנו לעשות ולפעול.
 
אנו נפעל כאן בשתי שיטות: הראשונה היא "עשה טוב" והשנייה "סור מרע".
 
כאשר הגיע חסיד אל רבי נחמן מברסלב ושאל אותו, כבוד הרב, מה אעשה עם כל הרע אשר משתולל בקרבי, ענה לו רבי נחמן, פשוט תעשה טוב והרע ממילא ייעלם. זוהי תפיסת העולם של תורת החסידות, שהביא הבעל שם טוב הקדוש לעולם, התמקדות בטוב ועשיית טוב. אם ירצה האדם בתחילת דרכו להתמודד עם הרע ולהתמקד בו, הרי שיוכל הרע, שכוחו גדול, להפיל אותו, על כן עליו להתמקד ולעסוק רק בצד החיובי וממילא הרע ייעלם לגמרי, ע"י האור הגדול שיושפע לתוכו.
 
השיטה השנייה של ה"סור מרע" היא שיטת המוסר, עימות והתמודדות פנים מול פנים מול הרוע, מול השקר והעיוות ומול הפירות הבאושים, אשר צמחו בקרבנו, עד לעקירתם, לפעמים זה ילווה בכאב, בהרגשה של החמצה, אך כאשר ייווכח האדם, שכל אשר הוא עקר מקרבו, אלו הם אילני סרק ועשבים שוטים, אשר מעכבים את צמיחתו האישית ואת הפירות הטובים, הרי הוא ימשיך להיאבק בעקשנות ובנחישות.
 
אנו צריכים לזכור ששתי השיטות צריכות להיות מלוות זו לצד זו ולפעול איתן יחד, כי אם נתמיד רק בשיטה אחת ונזניח את השנייה, הרי שנוכל ליפול מהגשר, המצריך את שני המעקות. אנו צריכים לזכור ולהיות מודעים תמיד למצבנו ולמדרגה בה אנו אוחזים, כדי שלא נקבל על עצמנו דברים שהם למעלה מיכולתנו ואינם שייכים למדרגתנו. ואל לנו לשכוח את הדבר החשוב ביותר לאורך כל הדרך, בכל מצב, בכל עניין ובכל זמן, אנו צריכים את עזרתו הישירה של בורא עולם ואת הכוונתו, את זה נעשה ע"י תפילה תמידית והתחברות אל השגחתו הפרטית.