כל מצווה הבאה מזמן לזמן נוהגים לברך עליה "שהחיינו וקיימנו והגיענו לזמן הזה", כגון נטילת לולב, ישיבה בסוכה ועוד. והנה במצוות ספירת העומר לא נהגו לברך שהחיינו. כמה טעמים נאמרו בדבר:

א.    לפי שזמן הספירה תלוי בקביעת הפסח, כמו שכתוב "וספרתם לכם ממחרת השבת",  וברכת שהחיינו שברכנו בפסח פוטרת אף מצוות ספירת העומר.

ב.     אין מברכים שהחיינו אלא בדבר שיש בו הנאה, כגון נטילת לולב לשמחה וכו', אבל ספירת העומר אין בו זכר לשום הנאה אלא עוגמת נפש בגלל חורבן הבית ומות תלמידי רבי עקביא (הגרי"ז מנחות סו,).

ג.      כתוב בכתבי האריז"ל על פסוק (שמות ג,יב) "תעבדון את אלוקים על ההר הזה", ישראל במצרים היו משוקעים במ"ט שערי טומאה והקדוש ברוך הוא ברוב רחמיו וחסדיו גאלם ממצרים כדי לקרבם תחת כנפי השכינה ועל זה הוצרך להם לספור ז' נקיים (פירוש שבע פעמים ז' נקיים) ובלא ספירת שבעה נקיים לא היה אפשר לקרבם תחת כנפי השכינה כידוע. וזהו פירוש הפסוק תעבדון את האלוקים, פירוש תעבדו נו"ן עד כאן לשונו.

ונמצא שהיו מצפים תמיד מתי תעבור המספר ושיגיע הקירוב ותמיד היה רצונם לכלות ימי הספירה ואם היה אפשר לכלות ימי הספירה ברגע אחד ותיכף ומיד יתחיל הקירוב אזי מה טוב ומה נעים היה להם בזה. ולכן לא שייך ברכת "שהחיינו" על צפייה זו (קדושת הלוי – דרוש לספירה).  

ד.     טעם כיוצא הזה כתב הרדב"ז: לפי שכל עצמה של מצווה זו הכנה היא למצוות העצרת שבסוף, וכשמגיע לחג השבועות השלים את המצוה ומברך 'שהחינו' על החג, והברכה עולה לכאן ולכאן. וכן כתב האבודרהם משום שהספירה אינה אלא לצורך הבאת ביכורים בעצרת.

ה.    שמא ישכח לספור יום אחד, ונמצאת הברכה לבטלה (מטה משה). (אך לפי זה קשה למה בכלל מברכים על הספירה שמא ישכח יום אחד לספור ותהיה ברכתו לבטלה).

ו.      לפי שימי הספירה, דוגמה לשבעת ימי הליבון שסופרת האישה להיטהר לבעלה, ואף אנו סופרים שבעה שבועות נקיים שיקרבנו המקום לעבודתו, לקבלת התורה. וימי הריחוק שבינתיים, ימים של צער הם, ואיך נברך 'שהחיינו'? (עקדת יצחק).  ולכן הוא הטעם שאין הלל גמור בימי הפסח כמו בסוכות, שעדיין אין ישראל שלמים (מעולפת בספירים).