נמחיש את הבעיה בדוגמא פשוטה. נניח שאדם רוצה להזיז את אצבעו.
מבחינה פיזיולוגית ניתן לתאר את תהליך הנעת האצבע בצורה די פשוטה.
המוקד המוטורי שנמצא במוח משגר איתות חשמלי בעוצמה של חמישים מילי-וולט. האיתות נע לאורכו של העצב הרדיאלי במהירות של כמאה מטרים לשנייה.
העצב הרדיאלי יוצא מן העורף, יורד עד לחוליה החמישית של עמוד השדרה, ומכאן מתפצל לזרוע הימנית והשמאלית.
אם נמשיך לעקוב אחר מסלולו נגלה שהוא ממשיך ועובר לאורך הזרוע והיד, ומתפצל בכף היד לחמשה עצבים שכל אחד מהם מוליך לאצבע אחרת.
כאשר האיתות החשמלי מגיע לאצבע הנכונה הוא מחולל גירוי שגורם לשרירי האצבע להתפשט או להתכווץ לפי הצורך, דבר שגורם להנעת האצבע.

התהליך כולו, כפי שתיארנו אותו עד כה, מבוסס על תהליכים שאותם ניתן לתאר באמצעות חוקי הפיזיקה והחשמל המוכרים לנו היטב. ברם, בנקודת ההתחלה של התהליך מצוי גורם עלום השייך לתחום שונה לחלוטין. ה"טריגר" שחולל את כל שרשרת התהליכים הפיסיולוגים שתיארנו לעיל היה – הרצון.

הרצון היא תופעה נפשית ששייכת לחלק הלא-חומרי של האדם. היא פועל יוצא של התודעה שאף היא בהיותה תופעה נפשית אינה מוסברת בתהליכים פיזיקאליים גרידא. הרי לנו תהליך שראשיתו בתחום הנפש והמשכו בתחום הפיזי.
כיצד מתאפשר הגישור בין שני התחומים הללו שתהום אדירה פעורה ביניהם?
הפליאה מתעצמת שבעתיים לנוכח העובדה שכרגיל איננו נוטים להכיר בהשפעות נפשיות ישירות על תופעות פיזיקאליות. טענותיו של אורי גלר כי הצליח לכופף כפיות ולעצור שעונים באמצעות כוח המחשבה, נתקלות אצלנו בספקנות מובנת שכן איננו מוצאים כל מכניזם שיוכל לתרגם את מחשבותיו של גלר לפעולות קונקרטיות בעולם החומר.
והנה, מבחינת התופעה הפסיכופיזית, מסתבר שבכל אחד מאיתנו קיים אורי גלר קטן המסוגל להשפיע על המציאות החומרית (לפחות של איברי גופו) באמצעות המחשבה...

כדי לפתור את הבעיה הפסיכופיזית ישנם כאלו המבקשים לטעון שהמרכיב הנפשי באדם הוא אשליה בלבד. לדידם האדם אינו אלא מכונה מתוכנתת היטב, מעין רובוט משוכלל בעל מגוון תגובות עצום אך ללא כל יסוד בלתי חומרי שניתן לכנותו "נפש".
כראיה לעמדתם מצביעים המדענים הללו על מחקרים חדשים המראים שלכל מחשבה או רגש המתעוררים באדם קיימת פעילות חשמלית מקבילה בנוירונים של המוח. אם למושג "צבע אדום" נלווית התעוררות חשמלית בנוירון מסוים, כך טוענים אותם מדענים, אזי אותו נוירון הוא הגורם החומרי האחראי ל"צבע אדום" ותו לא.

הבעיה בגישה זו היא שפעילות חשמלית אינה מסוגלת להסביר את "תחושת" הצבע האדום הנוצרת בתודעת האדם. לשם השוואה, גם כאשר מחשב מזהה צבע אדום ניתן לזהות פעילות חשמלית מקבילה המתרחשת בשבבי הסיליקון מהם הוא עשוי, אך פעילות חשמלית זו אינה מחוללת אצלו שום תחושה תודעתית. מכאן שהתודעה עצמה, למרות היותה קשורה לפעילות החשמלית מוח, אינה מוסברת על ידיה ואינה נובעת ממנה.

פרופ' ישעיהו ליבוביץ מסביר שגם מחשב בעל יכולת עיבוד-נתונים פנטסטית לא יוכל לפתח תודעה, שכן ההבדל בין האדם למכונה איננו כמותי אלא איכותי. תעלומת התודעה (והבעיה הפסיכופיזית היא רק ענף אחד של תופעה זו), כך טען ליבוביץ, אינו מסוג התעלומות שיש ביד המדע את הכלים לפענח אותם. לפיכך היא לא תבוא על פתרונה לא בהווה ולא בעתיד.
 זוהי גם עמדת היהדות הגורסת שהחיבור בין הגוף לנשמה הוא מפלאי הבורא.
בברכת "אשר יצר" אנו אומרים: "ברוך אתה ה' רופא כל בשר ומפליא לעשות".
הביטוי "ומפליא לעשות" מתייחס, לפי המפרשים, לכך שהקב"ה "קושר דבר רוחני לדבר גשמי", כלומר, תולה את הגוף והנשמה האחד בשני. עצם קיומו של קישור כזה מהווה ראיה לקיומה של מציאות רוחנית שאינה כפופה לחוקיות הפיזיקאלית הרגילה המוכרת לנו מעולם המדע.