הכשרת הלויים לעבודתם במשכן, דורשת אף היא הכנה ראויה והטהרות תחילה. הקב"ה מצווה על משה להזות על הלויים מי חטאת, לכבס את בגדיהם ולגלח את ראשם בתער. קורבנם יהיה פר לעולה ומנחתו סולת בלולה בשמן, ופר נוסף לחטאת. כיוון שהלויים נבחרו לעבודת הקודש חלף בכורי ישראל , על ישראל להתייצב בשעת הכשרת הלויים ולסמוך ידם עליהם. אהרון מצווה להניף את הלויים כתנופת קרובנות ומנחות, ואחר כך יסמכו הם את ידם על הפרים לפני הקרבתם. כך יובדלו הלויים מכלל ישראל להתקדש לעבודת המשכן.

ה' מזכיר כי קדושת הלויים באה להחליף ולכפר על בני ישראל שנכשלו בעוון העגל. למעשה הבכורים שב ישראל , הם שהיו אמורים להתקדש לעבודת ה' בהצלתם במכת הבוכות במצרים.

שבועיים לאחר הקמת המשכן, והנה מלאה שנה לצאת בני ישראל ממצרים. הקב"ה מצווה את ישראל על-ידי משה לעשות לראשונה את קורבן הפסח – זכר ליציאת מצרים. עליהם לקיים את הפסח על כל הלכותיו, כולל אכילת מצות וביעור חמץ. למעשה, הייתה זו הפעם היחידה בארבעים שנות שהותם במדבר שקיימו את מצוות הפסח.

קבוצת אנשים שהיו טמאים בזמן הקרבת הפסח, באו לפני משה ואהרון ובפיהם טענה: "למה נגרע לבלתי הקריב את קורבן ה' במועדו בתוך בני ישראל ". אנשים אלו רצו לקיים את המצווה ככל בני ישראל , אך טומאתם מנעה מהם לקיימה. עתה טענו כי הם מופלים לרעה.

וכך, באופן חריג למדי נותן ה' בתורתו מצווה שלמעשה נוצרה תוך פניה ובקשה מיוחדת מבני ישראל . ואכן, ה' קובע מועד ב' להקרבת הפסח – "פסח שני": בי"ד בחודש אייר יוכל כל מי שלא הצליח להקריב קורבן פסח עקב טומאתו או היותו מחוץ לאזור המקדש, להקריב קורבן חלופי. לקורבן דינים זהים לדיני הפסח הראשון ואף אותו יש לאכול יחד עם מצה ומרור. אולם, אין צורך לבער או להרחיק את החמץ, אלא רק להימנע מאכילתו בזמן אכילת הקורבן.

מיום בו הוקם המשכן שרה עליו ענן השכינה, ומאז לעת ערב, היה עמוד הענן לעמוד אש המאיר את סביבתו. כאשר היה מתעלה עמוד הענן ומתייצב מעל מחנה יהודה, היה הדבר לסימן לכל בני ישראל כי הגיע העת לצאת למסע. וכך היה הענן ממתין לבני ישראל , לקול החצוצרות ולהכרזת משה: "קומה ה' ויפוצו אויביך וינוסו משנאיך מפניך". אז היה הענן שט ובעקבותיו צועדים מחנה יהודה ויתר מחנות ישראל .

גם החנייה נקבעה על פי אות הענן. בענן היה עוצר ובני ישראל חונים תחתיהם. אולם הענן לא היה חונה ושוכן עד שסיים העם להתארגן ומשה הכריז "שובה ה' רבבות אלפי ישראל ".

התורה מספרת כי לעיתים נמשכה חניית ישראל ליום או לימים ספורים ולעיתים נמשכה החנייה שנים. כל זאת על-פי אות הענן.

- תקיעה בשתי החצוצרות – סימן להקבלת כל ישראל .

כזכור, בראש חודש סיוון, כחודש וחצי לאחר צאתם ממצרים, הגיעו בני ישראל למדבר סיני. כמעט שנה עברה, והם הספיקו לקבל את התורה, לחטוא בחטא העגל ולהתכפר, להקים את המשכן ולקיים את מצוות הפסח ואף את פסח-שני. עתה בכ' באייר בשנה השנייה לצאתם ממצרים, מתעלה הענן ובני ישראל יוצאים למסע שמסתיים בשכון הענן במדבר פארן.

1. 　　　　　　 סימני המסע – העלות הענן ותקיעת החצוצרות.

2. 　　　　　　 ראשונים מתחילים לנוע בני שבט יהודה והשבטים החונים איתם יששכר וזבולון – דגל מחנה יהודה.

3. 　　　　　　 באותה עת נכנסים אהרון ובניו הכוהנים, מכסים את כלי המשכן הקדושים ומכינים אותם למסע.

4. 　　　　　　 בני גרשון ומררי הלויים, מפרקים את המשכן ומעמיסים אותו על העגלות. כל משפחה נושאת את חלקי המשכן המוטלים עליה (פרשות במדבר ונשוא).

5. 　　　　　　 דגל מחנה ראובן הכולל גם את השבטים שמעון וגד, יוצא בעקבות מחנה יהודה.

6. 　　　　　　 בני קהת, משפחת הלויים הממונה על משא כלי הקודש, נוטלים את המזבח, המנורה, השולחן וארון העדות ויוצאים אף הם למסע.

7. 　　　　　　 עתה יוצא דגל מחנה אפרים הכולל גם את השבטים מנשה ובנימין.

8. 　　　　　　 מאסף לכל המחנות נוסע מחנה בני דן הכולל גם את השבטים אשר ונפתלי.

בחניית בני ישראל על-פי סימן הענן, מקדימים ובאים בני גרשון ומררי, שכזכור יצאו לפני בני קהת, ומקימים את המשכן. וכך עד בואם של הקהתים עומד המשכן מוכן על תילו, ובני קהת מכניסים את הכלים לתוך הקודש.

ערב הנסיעה מהר סיני, פונה משה אל חותנו שהגיע בשעתו אל ישראל המדברה, ומבקש ממנו להמשיך איתם בדרכם אל ארץ ישראל . יתרו משיב כי הוא מתכנן לנסוע אל ארצו-מולדתו. אך משה מפציר בו להצטרף, שכן היה לאחד מהם בשבתו איתם ובראותו את הניסים והנפלאות שעשה ה' עם בני ישראל .

התורה שבה אל סיפור המסע מהר סיני, "דרך שלושת ימים", לשון על-פיה ניתן להבין כי למרות שכך היה אורכה של הדרך, עשו אותה ישראל בחסדי ה' במשך יום אחד. לפני העם נוסע ארון ברית ה' – הוא הארון שהכין משה לקראת קבלת התורה ובו הונחו שברי לוחות הברית הראשונים. הארון מקדים את בני ישראל , תר אחר מקום מתאים לחניה ומכשיר את השטח לקראת בואם. גם הענן הולך עם בני ישראל , מגן עליהם מכל עבר ומכשיר את הדרך לפניהם.

כפי שכבר תארנו קודם, מכריז משה בנסוע הארון: "קומה ה' ויפוצו אויביך וינוסו משנאיך מפניך" ובנוח הארון הוא מכריז: "שובה ה' רבבות אלפי ישראל ".

קבוצת אנשים רעים מתוך העם החלו בהטחת האשמות כלפי משה. לא דברים של ממש אלא הקנטה שמטרתה הצדקה לסור מעל דרך ה'. בדבריהם טענו על טורח הדרך וקשייה. דברי החוטאים הכעיסו את ה' ואש החלה בוערת ומכלה בחוטאים. העם פונה אל משה בזעקה, ומשה, אוהב כל ישראל , פותח בדברי תפילה כלפי שמים. תפילתו נענית והאש שוקעת. על שם המאורע נקרא המקום תבערה.

ושוב יש מי שמחפשים סיבות לתלונות. האספסוף, אותו ערב-רב שנאסף אל בני ישראל ביציאתם ממצרים, אינם מרוצים מהמן הפלאי שיורד בכל יום וטעמו כה נפלא. בשר הם רוצים. אומנם, עדרי בהמות ל ישראל ובוודאי אפשר לשחוט מהם ולאכול, אך לאספסוף יש עניין להתאונן וכך הם עושים, ומסיתים אחריהם גם את בני ישראל .

הקב"ה שומע אל משה ומצווה עליו בתגובה לאסוף שבעים מזקני העם ולהתייצב איתם סמוך לאוהל מועד לעיני כל ישראל . לשם, אומר הקב"ה, אבוא אני, ואאציל מן הרוח אשר עליך על אותם זקנים. מעתה יהיו הם לצידך ויעזרו במשא טורח העם.

בינתיים, כהבטחת ה', מציף את המחנה גל אדיר של עופות ממין שליו. הללו מגיעות גלים גלים מכיוון הים, מרחפות בגובה חזה האנשים – רק ליטול, לשחוט, לבשל ולאכול. וכך אוספים בני ישראל כמויות אגירות של בשר ואוכלים לשובע.

בני ישראל ממשיכים במסעם וחונים במקום ושמו חצרות, אף הוא במדבר פארן.