שאלה ידועה נשאלת, מה ראתה התורה להאריך בפרשיות המשכן, והרי אין עשיית המשכן כצורתו הוראה לדורות, מפני מה כפלה התורה גם את הציווי וגם את העשיה?

המדרש מתאר שלש תמיהות שתמה משה רבנו: א. בשעה שאמר ה' "ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם" תמה משה, הנה הקב"ה אין סוף ואיך ישכון בתוך המשכן? הקב"ה השיב למשה: "משה לא כשם שאתה סבור אלא עשרים קרש בצפון ועשרים בדרום ושמונה במערב ושמונה במזרח ואצמצם שכינה שלי ואשכון ביניהם"... ב. כשהקב"ה ציוה להקריב קרבן תמיד, כבש בבוקר וכבש בבין הערביים, תמה משה, הרי כל החיות והבהמות שבעולם אין בהם כדי להודות לך! אמר הקב"ה: "משה לא כמו שאת סבור אלא את הכבש אחד תעשה בבקר ולא שנים בבת אחת..." ג. כשציוה הקב"ה על מחצית השקל, "ונתנו איש כפר נפשו", תמה משה ואמר מי יוכל לתת פדיון נפשו? אמר לו הקב"ה: "לא כמו שאתה סבור אלא זה יתנו כזה יתנו" (תנחומא כי תשא י).

המדרש מציג את תמיהותיו של משה כצודקות והגיוניות, הרי הקב"ה 'מלא כל הארץ כבודו', ואיך הוא יצמצם את שכינתו בתוך המשכן? כמו כן היאך אפשר להסתפק בלהקריב קרבן תמיד אחד בבוקר ואחד בין הערביים? וכי יעלה על הדעת, שמטבע אחד של מחצית השקל נחשב ככופר נפש? לא נתפס שיכלית! כנגד כל טענות אלו, עונה הקב"ה לא כמו שאתה סבור!

בעבודת ה' בכלל ובעבודת המקדש בפרט, יש הרבה הסבורים בטעות, שאין כבוד לה' בהקרבת קרבנות, מצוה הכרוכה בשחיטה ובזריקת הדם. אנשים אלה באים בטענות וסברות, וכך מתוך רוממות ה' כביכול, מבטלים מצוות מפורשות בתורה. למרבה הכאב, יש גם אנשים המלגלגים על המשתדלים ללכת בתורת משה, וטוענים כדברי אחד הבנים בהגדה: "מה העבודה הזאת לכם"? יש לדעת, כי כשליש מתרי"ג המצוות קשורות בעבודת המקדש, ולא לחינם האריכה התורה בביאור ובפירוט המשכן ועבודת הקרבנות, שהם חוק בל יעבור.

פרשת פקודי הנמצאת לאחר פרשיית חטא העגל, וכביכול, חוזרת על פרשיות תרומה - תצוה, היא מהווה תיקון לאותו חטא העגל, המילים בפרשה החוזרות על עצמן הן "כאשר ציוה ה' את משה" שמונה עשרה פעמים כנגד י"ח ברכות שבתפלה (מדרש שלשה וארבעה בבתי מדרשות ח"ב עמ' עב) לומר, שמשה ובני ישראל עשו כאשר ציוה ה' ולא שינו מדבר ה' כי הוא זה, שהרי שינוי קטן מציווי ה' יסודו "בחטא העגל", למרות שהכוונות טובות, והרעיונות יפים ומופשטים, אך הכל צריך להיות צמוד למצוות התורה ולדבר ה'. המסר בפרשה הוא חד וחלק - הבה נקשיב למצוות התורה ולא נקשיב למה שאנו רוצים לשמוע.