לכאורה מה הקשר בין הציווים על המשכן בפרשתנו לתפילת 18?-התורה תמימה הסביר(לח,כב)שמשחרב ביהמק"ד ובטלו הקרבנות אין מה שיכפר לנו,אלא תפילה עומדת במקום קרבנות,ולכן רמזו בתפילה לחורבן המקדש שרמוז אצלנו ב"המשכן משכן העדות" שיחרב. אולם זה ניראה דחוק כיון שהפס' של ה"משכן משכן העדות" הוא יוצא מהכלל שאותו לא מחשיבים במס' הציווים('ובלבד מן "ואתו אהליאב"..')כך שאיך אפשר שרמזו בפס' שאותו לא מחשיבים? ועוד שהציווים הם על המשכן ולא הקרבנות?-ובכ"ז אין אלו קושיות כ"ך חזקותולכן אפשר כמו שמביא הת"ת.

ואולי אפשר שאחד מתפקידי המשכן הוא כיוון לתפילה(ראה בפרשתנו בדברי מרן גדול הדור הגר"ש גורן זצוק"ל ב'תורת המקרא')ולכן התפילה שייכת למשכן ולכן איחדו אותם.ומודגש שזה 'בפרשת משכן השני' ולא בפרשיות "תרומה-תצוה",מדוע?-והנה רש"י מביא(לא,יח)שהפרשיות אינם במקומם,שפרשות תרומה תצוה אינם במקומם, שהציווי על המשכן נאמר לאחר יוהכ"פ שניסלח העגל.ולכאורה אם כך מדוע נאמרו שלא במקומם?ועוד שבקבלה מופיע שזה נאמר ע"פ הסדר?-וניראה אולי שהציווי על המשכן נאמר לאחר יוהכ"פ,אולם כל המצוות מחוברות בשורשם למקור עליון אחד,לרצון ה',ולכן המצוות של המשכן כלולות גם בשאר מצוות.לכן כשמשה הצטווה על המצוות בסיני היה בזה גם חלק של המשכן בעומק המצוות.לכן כשיש מקדש כל הקדושה עולה בעולם,וכך גם המצוות בעלות ערך עליון יותר,שמתחברות למקור עליון גבוה יותר,וכך בציווי המצוות היה גם קשר למקדש,וכעין שהצטווה עליו,להתחבר אליו.ובפועל הציווי לעשות משכן ממש נאמר לאחר יוהכ"פ,ויוצא שיש מקור עליון של משכן  שהוא המקדש של מעלה שמשפיע,ויש את הציווי שהוא המשכן התחתון,בתוך טומאתנו,וגם כשנחרב עדיין שכינה לא זזה ממקום המקדש בירושלים,שנישאר החיבור העליון(שבירושלים זה כנגד מקדש של מעלה).יוצא שבפרשיות שלנו,פרשת המשכן השני,זה התחתון,שאצלנו.לכן בו מרמזים על הקדושה שנימצאת אצלנו למטה,ולכן בתפילה שהיא מכוונת לעלות למעלה,כיוונו מהצד שלנו,שזהו פרשיותנו,להעמיד את התפילה בצורה מייטבית. ובפרט שפרשתנו הציווי שממנו מתחילים להחשיב במס' 18 הוא "ויעשו את בגדי הקדש אשר לאהרן כאשר ציוה ה' את משה"(לט,א) שזהו רמז לתפילה שיוצאת מהאדם,וכעין עומדים לפני ה' בבגדי קודש,כמו המלאכים שמתעטפים בכנפיים שזהו (הכנפיים) השירה שלהם.כך הבגדי קודש זהו פנימיותנו הקדושה(שבגד מסמל את האדם)שעומדים לפני ה' ומבקשים להתחבר לקדושתו ולהורדת שפע טוב.והתפילה עולה היטב במניין,בחיבור אנשים של קדושה,וזהו שהפס' הציווי הראשון לא נחשב כיון שהוא של בצלאל בלבד,שדווקא בחיבור עם אהליאב נאמר המס'.וזה כעין הנאמר שם ביר' 'אמר רבי סימון:כנגד יח חוליות שבשדרה,שבשעה שאדם עומד ומתפלל צריך לשוח בכולן,מה טעם?-"כל עצמותי תאמרנה ה' מי כמוך",אמר רבי לוי:כנגד יח אזכרות שכתוב ב"הבו לה' בני אלים" ' וכו'. שר"ס מדגיש את האדם כולו,ור"ל מדגיש את אזכרות הקדושה,ורשב"נ בשם ר"י (שהביא מהמשכן)זה חיבור בניהם,אדם שהוא קדוש,וזהו כעין 'ר"ח בשם ר"פ:כנגד יח פעמים שאבות כתובים בתורה אברהם יצחק יעקב' שהם אנשי קודש ושורשנו בקדושת האדם,ורשב"נ בשם ר"י מדבר עלינו ממש שמתחברים לצד קודש שבעולם ע"י חיבור למשכן.