חטאת שמדמה נותנים בתוך ההיכל (בקודש הקדשים ביום הכיפורים, או בהיכל כנגד הפרוכת כמו פר העלם דבר של ציבור) היא נקראת 'חטאת פנימית'. בשר החטאת נשרף בבית הדשן מחוץ לירושלים ושיירי הדם שופכים ביסוד דרומי מערבי בנקב המערבי (רמב"ם מעשה הקרבנות ה, יא).