התנהגותו של יונה באניה מעוררת תמיהות: בעוד המלחים מטילים כלים מן האניה אל הים כדי להקל מעליה, הוא שוכב ונרדם! מדוע לא סייע להם? היה לו לפחות להתפלל!

אפשר להסביר שיונה רצה להתאבד, במסגרת בריחתו מה'. לכן, כשהסערה התחילה, הוא הלך לישון, בציפייה שהספינה תטבע, והוא ימות בטביעה. אף על פי שאסור להתאבד, הוא סבר שהאיסור חל רק על התאבדות במעשה, וכאן הוא חשב להתאבד ב"שב ואל תעשה".

אבל עדיין קשה, הרי אם יונה ידע שהספינה תטבע בגללו, היה צריך לעשות משהו כדי להציל את שאר הנוסעים, כדי שלא ימותו בגללו? ייתכן שהוא חשב שה' לא יפגע בהם בגללו (אלא יינצלו ע"י ספינה אחרת חולפת או ע"י אחיזה בקרשים וכדומה). עוד ייתכן שסבר שכיון שהם עובדי עבודה זרה, חל על עליהם דין "לא מעלין ולא מורידין" (ע"ז כו ע"א), שאסור להציל אותם ממיתה. רק כשהטילו גורל ושמו עלה בגורל, הבין שה' רוצה שהוא יפעל לטובתם, ולכן נטל על עצמו את האחריות, ואמר להם "שאוני והטילוני אל הים" (א, יב).

גם אז, הוא לא קפץ מעצמו, בגלל האיסור להתאבד (וגם אם מותר להתאבד כדי להציל אחרים, כמו שכתב שו"ת משפט כהן, סימן קמג, אסור לעשות כן כדי להציל עובדי עבודה זרה), אלא התאבד ב"שב ואל תעשה", ע"י המלחים.

כאשר הדג בלע אותו, הוא המתין שלשה ימים ושלושה לילות (ב, א), ורק אח"כ התפלל לה'. לפי האמור, אפשר להסביר, שהוא רצה למות, ולכן לא התפלל, וחשב שהוא ימות בתוך בטן הדג, כפי שהוא בדרך הטבע; ורק כשראה שהוא ממשיך לחיות בניגוד לדרך הטבע, הוא הבין שה' אינו מאפשר לו להתאבד, והוא מבין שה' שלח את הדג לא כדי להרוג אותו אלא כדי להציל אותו מטביעה בים, ולכן הוא התפלל, בעל כורחו. ובסוף תפלתו הוא אומר "אשר נדרתי אשלמה", כרמז לכך שהוא למד את הלקח וחוזר בתשובה, ומוכן ללכת לנינוה כציווי ה'.

בסופו של דבר, יונה ביקש מה' "קח נא את נפשי ממני" (ד, ג), ואח"כ שוב "וישאל את נפשו למות" (ד, ח), ולא ניסה להתאבד בעצמו, אפילו בשב ואל תעשה, מפני שהוא ראה שה' סיכל את נסיון ההתאבדות שלו בטביעה, ויכול למנוע כל התאבדות נוספת, לכן לא ראה טעם לנסות. ואמנם הוא כבר ראה שה' אילץ אותו להתפלל לחיות, אבל הוא חשב שאחרי שכבר קיים את ציווי ה' להתנבא לנינוה, ה' כבר לא יאלץ אותו לחיות, והוא רצה למות כדי שלא יקבל ציווי דומה נוסף, וחשב שאם יבקש זאת מה' לפני קבלת הציווי, ה' לא יכריח אותו לחיות ולהתנבא.