כד נחלקו הראשונים אם מצות ספירת העומר היא מצוה אחת המתמשכת על פני ארבעים ותשע יום, וזה מה שנאמר בתורה: תמימות תהיינה, וממילא אם שכח יום אחד חיסר במצוה ואינו יכול לספור, שאין כאן תמימות. או שמצוה זו היא מצוה בפני עצמה בכל לילה. ולכן לדינא אם שכח או הזיד ולא ספר ספירת העומר אפילו רק לילה אחד, אינו יכול יותר לברך על ספירת העומר מהלילה שלאחר מכן והלאה, אלא יספור בלא ברכה. דספק ברכות להקל. וכן אם טעה ומנה מספר אחר, ולא נזכר עד הלילה השני, אינו יכול לספור עוד בברכה. וכל זה כששכח לספור לילה ויום, אבל אם נזכר ביום יספור המנין של אותו יום בלא ברכה, ושוב יוכל לספור בלילות שלאחר מכן בברכה. והוא הדין אם שכח כמה לילות ובכל פעם נזכר ביום וספר (בלי ברכה), חוזר וממשיך לספור מכאן ואילך בברכה. [שו"ת יביע אומר חלק א' חלק יורה דעה סימן כא אות ו'. וחלק ג' סימן טז אות ז'. וחלק ד' סימן מג סק"ז. וחלק ג' סימן כח].
כה מנהג נכון בירושלים, לספור העומר בבית הכנסת בשחרית בלי ברכה, שאם יש מי ששכח לספור בלילה, יספור בשחרית, ויועיל לו שמכאן ולהבא יספור בברכה.[ילקו"י מועדים].
כו מי ששכח לספור ספירת העומר לילה ויום, שהדין הוא שאינו סופר עוד בברכה, ועמד כשליח ציבור בתפלת ערבית, אין לו לספור ספירת העומר להוציא אחרים ידי חובתם, שכל מי שאינו מחוייב בדבר אינו מוציא אחרים ידי חובתם. והדין כן אף באדם נכבד. [שו"ת יביע אומר ח"ח חלק אורח חיים סי' מו סק"ב. חזון עובדיה על הלכות יום טוב עמוד רמח].
כז אם טעה במנין הספירה (במנין הימים והשבועות), ולא נזכר עד הלילה שאחריו, דינו כמי שלא ספר כלל. ואם נזכר באותו ערב, אם הפסיק בינתים, או ששהה כשיעור "שלום עליך רבי", חוזר וסופר "בברכה". ואם נזכר ביום, סופר ביום בלי ברכה. ומכאן ואילך יספור בברכה. [חזון עובדיה על הלכות יום טוב עמוד רנ].
כח מי שנסתפק אם ספר העומר בלילה הקודם, (וביום הקודם לא נזכר מספירת העומר כלל), או שנסתפק אם ספר אתמול את המספר הנכון או לא, (ולא ספר ביום את המספר הנכון), בכל זאת יוכל לספור מכאן ולהבא בברכה, מטעם ספק ספיקא, שמא באמת ספר העומר בלילה הקודמת, ואם תמצא לומר שלא ספר, שמא הלכה כדעת ר"י בעל התוספות, שכל לילה ולילה מצוה בפני עצמה היא. ונוסף על זה שיש לנו דעת הרמב"ם והראבי"ה דסבירא להו שעיקר מצות ספירת העומר גם בזמן הזה מדאורייתא, וספיקא דאורייתא לחומרא. [שו"ת יביע אומר ח"ב חיו"ד סי' ב' סק"ג. וח"ד או"ח סי' מג סק"ג. והוא ע"פ דברי תרומת הדשן סי' לז. וי"א שגם דעת הרי"ף כן, אלא שא"ז מוכרח כ"כ, ומש"ה מרן פסק כד' הרא"ש דספה"ע מדרבנן. וראה בזה בחזו"ע יום טוב עמוד רלח. ובילקו"י מועדים מהדורת תשס"ד עמוד תריז, ובירחון קול תורה סיון תשס"ג עמוד סא.].
כט וכן אם היה עומד בבין השמשות [אחר השקיעה], ונזכר בבירור שלא ספר אמש ספירת העומר, וגם במשך היום לא נזכר מזה, יספור מיד הספירה של אמש בלי ברכה, ואחר צאת הכוכבים יספור בברכה. ונכון שבאופן כזה יזהר שלא יספור העומר בכל יתר הלילות אלא לאחר צאת הכוכבים, שלא יהיה כתרתי דסתרי. וכל זה דוקא באופן שנזכר בבין השמשות שלנו, שהוא שלש עשרה וחצי דקות זמניות אחר השקיעה, אבל אם נזכר לאחר מכן, אף על פי שהוא נוהג להחמיר במוצאי שבת כדעת רבינו תם, אין לצרף בזה סברת ר"ת וסיעתו להרשות לו לספור מכאן ואילך "בברכה". אלא מכאן ואילך יספור בלא ברכה. שספק ברכות להקל. [שו"ת יביע אומר ח"ד סי' מג. וח"י חאו"ח סי' לח עמוד סט. ושם דחה דברי מי שהצריך שיהיו ב' הספיקות שקולים. וראה עוד בחזון עובדיה על יום טוב עמוד רלח].
יט המתפלל ערבית עם הצבור מבעוד יום בימי הספירה, סמוך לחשכה, וסיימו התפלה בבין השמשות, וברצונם לספור מיד ספירת העומר בבין השמשות טרם ילכו לביתם, והיחיד הזה נוהג בכל לילה לספור העומר אחר צאת הכוכבים, כמנהג המדקדקים במצות, אך מאידך הוא חושש פן ישכח לספור בביתו, ויפסיד לגמרי את מצות ספירת העומר בשאר הלילות, טוב שיספור עם הצבור בלי ברכה, ויחשוב ויתנה בדעתו לאמר: אם אשכח לספור בלילה בביתי, הריני סומך על ספירה זו לצאת בה ידי חובתי, ואם אזכור בלילה לספור העומר, אני מכוין שלא אצא ידי חובת ספירת העומר במה שאני מונה עכשיו עם הצבור. ואז כשיזכור בלילה יספור בברכה כמנהגו הטוב לספור אחר צאת הכוכבים. [חזון עובדיה על הלכות יום טוב עמוד רלג].
כ מנהג יפה אף נעים בכמה קהלות מישראל שבימי הספירה בין מנחה לערבית קוראים מעט מפרקי אבות, ושומעים מפי תלמיד חכם מוסר השכל מענין הנאמר בפרקי אבות, דבר הלמד מענינו, וממשיכים בזה עד שיגיע זמן צאת הכוכבים, כדי שיספרו העומר בזמנו דהיינו אחר צאת הכוכבים. ונמצא מצוה גוררת מצוה, שבכדי לקיים המצוה מן המובחר לספור אחר זמן צאת הכוכבים, לומדים תורה ברבים. וראוי לעשות כן בכל קהל. וכל המזכה את הרבים זכות הרבים תלוי בו. [חזון עובדיה על הלכות יום טוב עמוד רלו].
כא יש אומרים שנכון לספור מיד אחר קדיש תתקבל של ערבית, אבל בירושלים נוהגים לספור העומר אחר סיום עלינו לשבח. [המנהג לספור אחר קדיש תתקבל מסתייע יפה מדברי רב האי גאון שבארחות חיים (אות ד). וכן כתב בספר נוה שלום חזן ובספר נהר מצרים. ומכל מקום אין אחר המנהג כלום. וראה בירחון קול תורה אלול תשס"ג עמוד כא, וחשון תשס"ד עמוד סד. וילקוט יוסף על המועדים מהדורת תשס"ד עמוד תרכה. חזון עובדיה על הלכות יו"ט עמוד רלה].
כב אחר שסופרים העומר אומרים "הרחמן הוא יחזיר עבודת בית המקדש למקומה במהרה בימינו". והטעם לפי שאין לנו עתה אלא הזכרה לבית המקדש, אבל לשופר ולולב יש עשייה. [תוס' מגילה (כ:). מחזור ויטרי (עמוד שא). ושבולי הלקט (ס"ס רלד). חזו"ע על יום טוב עמוד רלה].
כג נוהגים לומר למנצח בנגינות מזמור שיר ואנא בכח. [ילקוט יוסף על המועדים עמוד תכב].