הנהגת לימוד של משנה יומית הוצעה לראשונה על ידי הרב אריה צבי פרומר בשנת תרצ"ח, בחגיגת השלמת המחזור השני של דף היומי, שהונהג על ידי קודמו של הרב פרומר בראשות ישיבת חכמי לובלין, הרב יהודה מאיר שפירא. לימוד המשנה היומית הוצע מכיוון שישנן מסכתות משני סדרים - סדר זרעים וסדר טהרות וכן מסכתות נוספות שאין עליהן גמרא ומשום כך לא נכללות בלימוד הדף היומי.

בחג השבועות תש"ז, הציע הרב יונה שטנצל להגשים את יוזמת רבו ובן משפחתו הרב פרומר, כך שלומדי הדף היומי ילמדו מדי יום משנה אחת מסדרי זרעים וטהרות ושאר הציבור ילמד את כל ששה סדרי המשנה בקצב של שתי משניות ביום, כדי להנציח את ששת המליונים שנרצחו בשואה. "משנה" היא הן אותיות "נשמה", ולימוד שישה סדרי משנה מתאים לעילוי נשמת ששת המיליונים נרצחי השואה.

הרב שטנצל הפיץ בקרב ניצולי שואה כרוז שכותרתו "שמע ישראל!", ובין השאר נאמר בו: "קדיש אחרי אביך לא אמרת, מצבה על קבר אמך לא הצבת.. נאבדו לך כל קרוביך, שבעה אחריהם לא ישבת, קריעה אחריהם לא קרעת, מיליונות אחיך בני ישראל נחנקו, נשרפו לאפר... ובמה אתה יכול לכבד את זכרם?... תיכנס לבית הכנסת, ותשתתף עם הציבור ללמוד את המשנה היומית לזכר קדושי ישראל, רק שתי משניות ליום, ובאמירת תפילה המיוחדת לזכרם אחרי הלימוד וקדיש לאחריה, ובזה אתה מכבד את זכרם". הלימוד כלל לימוד של משנה אחת ליום ללומדי הדף היומי, על המסכתות זרעים טהרות, ולימוד שתי משניות של משנה יומית לכל הלומדים.

לימוד המשנה היומית זכה להסכמות של רבנים רבים, בהם האמרי אמת, רבי איסר זלמן מלצר, הרב זליג ראובן בנגיס, רבי משה פיינשטיין, הרב דב בריש וידנפלד, הרב יעקב משה חרל"פ, רבי שלמה זלמן אוירבך, הרבבן ציון עוזיאל.