יצחק ורבקה נתנו לו שם זה מפני שהחזיק את עקב עשו אחיו בלידתם.

יש משמעות שלילית בשם זה, כפי שעשו אומר "הכי קרא שמו יעקב ויעקבני זה פעמים" (כז, לו).

ייתכן שיש רמז לשמו בפרשת העקידה. בנכונות  אברהם לעקוד את יצחק (ובנכונות יצחק להיעקד) בעצם הוא ויתר על המשכיות זרעו, ובפרט ויתר על לידת בן ליצחק. כשכר על נכונותו, הובטח לו זרע: "הרבה ארבה את זרעך... עקב אשר שמעת בקלי" (לעיל כב, יז-יח). יש כאן רמז ליעקב, שבו התקיימה הבטחת הזרע ליצחק.

עוד נרמז יעקב בפרשת העקידה, בפסוק: "ואת יצחק בנו, ויבקע" (כב, ג): אברהם ידע שבהקרבת יצחק, הוא בעצם מקריב גם את הדורות הבאים, החל מיעקב. "ויבקע" אותיות "ויעקב", כלומר הוא לקח עמו לעקידה "את יצחק בנו ו[את]יעקב".

יש לשם זה משמעות חיובית גם כסמל למאבק בין יעקב לעשו, שעליו אמר ה' לרבקה "ולאום מלאום יאמץ ורב יעבוד צעיר" (כה, כג), ולכן יעקב החזיק בעקב עשיו, מפני שהוא רצה להיות הבכור.

עם זאת, נשאלת השאלה, מדוע יצחק נותן שם שיש לו משמעות שלילית במבט ראשון, והרי הוא לא ידע על הנבואה שקיבלה רבקה? ייתכן שיצחק עשה זאת בעקבות השם שהוא עצמו קיבל, שיש לו לכאורה משמעות שלילית, על חוסר האמונה של שרה; בכל זאת ה' קרא לו בשם זה, ויצחק הבין מזה שיש ערך נסתר גם לשם שיש לו משמעות שלילית לכאורה, ולכן בחר אף הוא בשם כזה לבנו.